抗击波斯

　　初登帝位的希拉克略当务之急是抵御萨珊波斯的入侵。此时波斯人已经夺取、巴勒斯坦、埃及、亚美尼亚、伊比里亚、两河流域等地，由小亚细亚攻入拜占庭帝国腹地。615年，波斯大将沙欣攻陷博斯普鲁斯海峡的卡尔西顿，直接威胁海峡对面的拜占庭首都君士坦丁堡。就在这时，斯拉夫人和阿瓦尔人开始由西北进攻拜占庭。拜占庭国内一片混乱，希拉克略处境艰难，遣使向库思老求和又被拒绝。

　　为应对危机，希拉克略开始对拜占庭军队实行改革，将全国划分为若干军区，每个军区都加强了机动作战和防御力量。教会也捐输金银资助希拉克略。622年，在伊苏斯之战击败萨珊波斯军。此后与波斯大将沙赫巴勒兹、沙欣、沙普坎等人多次交战，相持中互有胜负。战局的真正转折发生在626年，塞尔吉乌斯教长击破了阿瓦尔人的君士坦丁堡之围，使得作为波斯盟友的阿瓦尔人损失惨重，希拉克略在西统叶护可汗和可萨人的援助下转守为攻，由格鲁吉亚攻入伊朗。第二年，希拉克略占领波斯军事重镇甘扎克。破坏了祆教最主要的拜火祠之一——阿图尔·居什那什普火祠。库思老二世急忙带着圣火撤退了。拜占庭军队随后在亚述古城尼尼微再败萨珊波斯(尼尼微战役)，洗劫了达斯特卡尔特王宫。库思老又慌忙逃到泰西封，拜占庭军队也尾随而至。

　　这一次轮到萨珊波斯内忧外患了。危急的形势引发了宫廷政变，库思老被投入监狱。卡瓦德二世(库思老与拜占庭公主马利亚所生)被拥立为王。628年2月底，根据卡瓦德的命令，库思老二世被杀于狱中。为了的王位，他又杀死了所有的兄弟，据说共17人。不久，两国签订和约，萨珊波斯撤出了从埃德萨到亚历山大里亚的领土，两国交换俘虏，归还“真十字架”。至此，拜占庭帝国所面临的危机可以说暂时告一段落。

　　军区制

　　在战争中，希拉克略已经尝到了军区制的甜头。战后，希拉克略仍然感受到来自帝国东西南北各个方向的外族的压力，便决定在全国推行军区制。军区制原来已在北非和意大利实行，希拉克略将其移植到东方各省，先后建立了亚美尼亚、奥普西金、基维莱奥冬、阿纳多利亚和色雷斯五个军区，他的后继者们继续完善并推广军区制的范围，使之终于成为拜占庭帝国一项基本制度。

　　军区制的实质就是地方军政合一，地方军事长官兼有行政管辖权，一身二任，类似于中国历史上的节度使制度。实际上使全国都处于军事管制之下。由于拜占庭帝国容易受攻击的地理特点，战争已成为国家和政府的经常性职能，军区制对拜占庭帝国来说显然是合理而且必要的。

　　军事屯田

　　希拉克略改革的另一个重要方面是建立军役和封建义务合一的军事屯田制。为解决财政不足的危机，希拉克略将战乱时期没收的大贵族的土地和田产分封给服军役的官兵，作为军饷。份地可以世袭，也可以转让，但转让份地则必须将军役义务一起转让给继承人。他们战时作战，平时耕地，向政府交纳赋税，免除徭役。希拉克略的继承者们继续巩固军事屯田制。此举解决了当时面临的财政危机的同时，促进了小农经济，被认为是拜占庭帝国由奴隶社会向封建社会转变的关键。

　　教会关系

　　希拉克略同教会的关系是十分微妙的。在危机年代，希拉克略得到教会的资助。他采用了大批动用教产的措施，利用教会的物质力量和精神力量号召全国军民同仇敌忾。但战后，教会的追债使双方矛盾顿起。另外，面对帝国东部地区的严峻形势，为笼络人心，满足埃及、“基督一性论”派的异端教徒，希拉克略提出了他自己的“二性一意”论，认为基督具有二性但只有一个意志，但遭到教会的强烈反对而作罢。尽管如此，希拉克略同教会的矛盾还是良性的，没有发展到像后来利奥三世那样通过“捣毁圣像运动”来摧毁教会的地步。

　　希拉克略是第一个和穆斯林接触的拜占庭皇帝，按照阿拉伯人的说法确信他可能皈依了教。他视穆罕默德为真正的先知，上帝的使者。然而，其他的消息来源表明，希拉克略或许从未读过穆罕默德的书和接见过穆罕默德派来的任何人。