“九阴真经”出现在江湖中，引起各路武林人士争夺。王重阳、黄药师、欧阳锋、段智兴、洪七公决定在华山论剑，谁夺得“天下第一”则归谁。黄药师等人败给了王重阳，但黄药师也得到五绝之一“东邪”的称号。

　　而后黄药师娶冯衡为妻，早年所收的徒弟除去陈玄风、梅超风、曲灵风、陆乘风四大弟子之外还有两个小弟子武眠风和冯默风。

　　王重阳逝世后，死前交代周伯通将经书上下卷分开藏匿。“老顽童”周伯通在运送《九阴真经》下卷至藏匿地点的途中遇到黄药师与其新婚妻子冯衡，冯氏凭借过目不忘骗老顽童真经为假，周伯通一怒之下毁去经书，而后冯衡默出《九阴真经》下卷交予黄药师。

　　因黄药师只有下卷经书，自负可以从下卷中自创上卷内功基础，因而发誓若不练成经中所载武功，便不离桃花岛一步。

　　陈玄风、梅超风互生爱慕，恐黄药师性格怪癖不予应允，决定窃取了师父的《九阴真经》下卷。黄药师后来得知，一怒之下挑断其余弟子腿筋，全部逐出师门。

　　冯衡为了安慰黄药师，再想把经文默写出来。但因不懂含义多半忘记，因而苦思几日几夜写下了七八千字而导致流产生下黄蓉，自己因此逝世。

　　日后周伯通得知其受骗于黄药师二人，为防上册经书被盗，于是携带《九阴真经》上卷经书前往黄药师居所桃花岛追讨经文，其时冯衡已死，黄药师又因周伯通言语相激，与之展开激烈交战，使出“弹指神通”射断周伯通双脚，从此困周伯通于岛上十五年。多年之后发现黄蓉为周伯通送酒及食物，因而责骂她，黄蓉和父亲赌气从而由浙江一路北上。