公元前2世纪、张骞出使西域，西汉王朝始设西域都护管辖。塔什库尔干地区属于交通要道，“丝绸之路”的咽喉。塔吉克族先民在东西方文化交流中受到熏陶，并发展自己。公元2-3世纪，在塔什库尔干一带出现了朅盘陀国，朅盘陀人是中国塔吉克族的远祖。3-4世纪，他们已发展了灌溉农业，过半农半牧生活。朅盘陀国有12座城堡和10多所寺院。以小乘佛教为国教。唐朝时，属安西都护府管辖。开元(713-741)中，在此设“葱岭守捉”戌所。公元8世纪，朅盘陀国消亡。公元9-16世纪，塔什库尔干地区先后受吐蕃、喀拉汗王朝、西辽、蒙古元朝和察合台汗国的管辖。特别是从10世纪开始传入喀拉汗王朝境内的教，对塔吉克人的影响强烈，以致后来成为全民族信仰的宗教。明朝后期，在色勒库尔的中心地带已有一批塔吉克族小村落。从17世纪后期到19世纪，帕米尔西部和南部的什克南、瓦罕等地的许多塔吉克人迁入色勒为尔，逐渐成为中国的塔吉克族。17世纪中叶，清朝统一全国，对塔什库尔干，沿用元朝的名称“色勒库尔”，建置色勒库尔回庄，归喀什噶尔参赞大臣管辖。

　　清代的建置，大大加强了塔吉克族地区同南疆族地区经济与文化的密切联系。

　　塔吉克族的祖先大概曾经历过以女性为中心的母权制时代。《大唐西域记·朅盘陀国》在记述其建国传说中称，其始祖母与太阳神相会而孕，生下其王。从塔吉克始祖的传说来看，其先民曾实行过母权制。即汉公主为王期间，是以女性为王并以女世袭的。

　　自汉公主去世之后，其子袭位。自此朅盘陀国实行的是以男性为中心的父权世袭制，这是塔吉克族先民早期社会的一次重大的变革。由于传统势力的影响，实行这一变革无疑是十分困难的，仅靠个人的力量是不可能的，还必须借助神的力量。

    而当时他们所崇奉的最高神可能是太阳神，为了取得本国人们的支持和拥护，为了使本国人们承认自己的王位和巩固以男子为中心的父权制。朅盘陀王便宣称自己是太阳神的儿子，与一般的凡人不同。其后裔也编造种种神话，说他出生神异，有许多凡人所没有的特殊本领。自朅盘陀王袭位后，一直是实行王族男性世袭制。

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　　明代和清初，由于许多柯尔克孜族在塔吉克族地区色勒库尔草原上放牧，因而把色勒库尔的塔吉克族作为西布鲁特(清代对柯尔克孜族的称呼)19部之一。乾隆年间，清政府平定准噶尔和南疆大、小和卓叛乱之后，在新疆实行军府制度，设将军府(驻伊犁)统辖新疆，由参赞大臣负责新疆南部的军事和行政。在各城设办事大臣或领队大臣。

    此后，把塔吉克人聚居的色勒库尔作为一个回庄--色勒库尔回庄。回庄以北仍为柯尔克孜色勒库尔部落的游牧地。色勒库尔回庄受叶尔羌办事大臣管辖，并实行伯克制。由于色勒库尔是边防重地，所以设立的伯克品级较高，为五品阿奇木伯克。阿奇木伯克是地方首席长官，管理地方民政;另设六品的伊什罕伯克和商伯克各一名，七品的阿尔巴布伯克等五名，辅助阿奇木伯克，分管税收、司法等事宜(《新疆识略》卷三)。

    头几任伯克都是色以提沙利的后代，由清政府任命。十九世纪初以后，由叶尔羌办事大臣另行委派本民族其他上层人士担任这一职务。

　　1884年新疆建省以后，各地都废除了伯克制度，一些地位较高的伯克改充“头目”，大多数伯克改任乡约和各级衙门的官吏等职务。由于色勒库尔属边远地区，为保障边疆稳定，清政府继续在其地实行伯克制度，仍旧留用正副阿奇木伯克二人。

　　盛世才统治时期取消了上述所有各级伯克，设立区、乡、村三级行政机构。

　　1949年以后建立塔吉克族自治县，实现民族区域自治。