崇德八年(1643)八月初九皇太极逝世，满洲亲贵在帝位继承上出现矛盾。皇太极长子肃亲王豪格与皇太极之弟多尔衮争立。皇太极生前统领的正黄旗与镶黄旗拥立豪格，而多尔衮自领的正白旗与镶白旗则拥立多尔衮。双方争持不下，形势极其严峻。

镶黄旗护军统领鳌拜手握重兵，成为这场皇位之争中的核心人物之一。他与两黄旗的其他大臣索尼、谭泰等八人会集于豪格府邸，“共立盟誓，愿死生一处”，密谋拥立肃亲王为帝。鉴于当时紧张的局面，鳌拜等严加戒备，密令兵丁守卫门禁，以防不测。

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八月十四日，代善于崇政殿召集会议讨论继承人选。鳌拜于当天清晨与两黄旗大臣盟誓于大清门，坚决拥立先帝(皇太极)之子，并命两旗精锐护军全副武装环卫崇政殿，作好了不惜兵戎相见的准备。当会议之中争论不休时，鳌拜与效忠于皇太极的一批将领纷纷离座，按剑而前，齐声说道：“我们这些臣子，吃的是先帝的饭，穿的是先帝的衣，先帝对我们的养育之恩有如天高海深。如果不立先帝之子，我们宁可从死先帝于地下!”实际上是以武力威胁多尔衮不得觊觎帝位。在这种形势下，多尔衮不得不作出让步，提出拥立皇太极第九子、6岁的福临继位，由自己和郑亲王济尔哈朗一同辅政。这一折衷方案最终为双方所接受。福临即位，改明年为顺治元年。

多尔衮摄政之后，党同伐异，擅权自重。他首先打击的就是他的争位对手豪格及其拥护者。鳌拜本是豪格的坚定拥护者，又不阿附多尔衮，也遭到残酷打击。在多尔衮摄政期间，鳌拜受到的大主要有三次。 

第一次发生在顺治初年。顺治元年，鳌拜随英亲王阿济格征讨退守陕西的李自成大顺军，立有大功。顺治二年八月，阿济格因为没有及时奉旨班师，而且谎报战功，受到处罚。阿济格是顺治帝的叔父，为人粗暴，藐视小皇帝，私下呼为“孺子”。清廷谕令正黄旗固山额真谭泰会同护军统领鳌拜召集部众，将阿济格“称上为孺子”之语传示晓谕。谭泰顾及英亲王情面，没有照办。鳌拜也因听从了谭泰之言未奉行谕旨，结果不仅征讨李自成的军功不准议叙，还被罚银100两。后来谭泰又与索尼相仇，互相攻击，鳌拜因庇护索尼再次获罪，几被革职。

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第二次发生在顺治五年(1648)。当年二月，征讨张献忠大西军的豪格大军凯旋回京。参领希尔良因冒功邀赏一事遭到处罚，鳌拜也以勘察不实而被议处“应革职，罚银一百两”。三月，贝子屯齐告发郑亲王济尔哈朗当年拥立肃亲王豪格、后又包庇豪格的种种罪状。鳌拜诸人谋立肃亲王之事也被同时告发。多尔衮借此事兴起大狱，严讯诸人。最后，鳌拜以欲立豪格、与诸人盟誓等罪名论死，得旨“罚锾(huán)自赎”。四月，侍卫廓步梭又告发鳌拜在皇太极死时“擅发兵丁守门”，再次论死，改革职为民，得旨免革职。鳌拜虽以大功凯旋，在短短数月间却被论死两次，可见其所受打击之严酷、境遇之窘迫。 

鳌拜所受的第三次打击是在顺治七年(1650)。这年七月，多尔衮生病，暗示贝子锡翰，想请顺治帝亲临探视自己，锡翰遂秉承其意“请驾临幸”，多尔衮却又以“违令渎请”罪之，并追究鳌拜包庇之罪，论死，后改免死罚赎、降爵。是年十一月，多尔衮死，顺治亲政。

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顺治亲政后，闻知鳌拜、索尼等人曾经盟誓“一心为主，生死与共”，忠心耿耿，遂对鳌拜极为敬重，视为心腹重臣。从此以后，鳌拜随侍顺治身边，直接参与管理国家各类事务，如商讨本章批复程序、联络蒙古科尔沁部、协和太后与皇帝之间的关系、祭奠过世王公妃嫔、协助会审案狱，并倡议“大阅以讲武”，自教武进士骑射，等等。顺治十三年(1656)，鳌拜旧伤复发，卧床不起，顺治亲临鳌拜府邸去看望慰问。顺治十四年(1657)冬，孝庄文皇后(即皇太极妻博尔济吉特氏)病重，顺治朝夕侍侯。鳌拜也昼夜于宫中侍候，都顾不上自己休息吃饭，深获顺治帝的赞赏。