河中地区是察合台汗国的统治中心，迁居河中地区的部分蒙古贵族，迷恋城市生活，改信教，并积极主张化。但有一部分人则反对化，主张保持原有的游牧生活方式和风俗习惯。这一部分人的主张遭到了木八剌沙的反对。木八剌沙为了表示对教信仰的虔诚，不仅在河中地区举行加冕礼，还把居住在七河流域的札剌亦儿部和巴鲁剌思部迁到河中地区，使其很快化。居住在汗国东部(今新疆天山南麓)的蒙古族人仍然保留着本民族原有的生活方式和风俗习惯。

　　1321年后，察合台汗国分裂为东、西两部分，东部称为"蒙兀儿斯坦"，西部称为"马维兰纳儿"。

　　察合台汗国分裂后，首先在马维兰纳儿的统治集团内部发生了争权夺利的斗争，政治局势陷入混乱。仅从1321年至1346年间，先后有10个汗即位，而且每个汗即位时，都采用谋杀手段。如1322年答儿麻失里即位后，不仅自己信奉教，而且强令整个河中地区百姓信奉教。这一强化政策引起了一部分蒙古统治者的反对，答儿麻失里的弟弟布罕将其杀死。

　　随着察合台汗国的分裂和马维兰纳儿的化以及内部纷争，使察合台汗国失去了政治中心。为此，察合台后裔企图把蒙兀儿斯坦作为政治中心，以保障察合台系的正统统治。但此时的蒙兀儿斯坦已不存在一个为公众所承认的察合台系君主，诸异密决定迎回也先布花，拥立他为可汗。也先布花自1310年至1320年统治蒙兀儿斯坦。也先布花汗曾远征河中地区，但未能实现重新统一察合台汗国之目的就去世了，其子(蒙力克哈敦所生)图古鲁克帖木儿继承汗位。

　　图古鲁克帖木儿是统治蒙兀儿斯坦的察合台后裔中第一个信奉教的人，在他统治时期，不仅教得到广泛传播，而且还统一了整个察合台汗国。占领河中后，将管理权交给了他的儿子亦里牙思火者，自己则返回喀什噶尔，第二年便离开了人世，察合台汗国又重新陷入混乱状态。帖木儿和忽辛(库塞音)起兵反对亦里牙思火者，把他赶回喀什噶尔，占据了河中地区。但是，帖木儿和忽辛又发生了矛盾，在河中地区出现了两雄相争、互相残杀的局面。最后，于1370年帖木儿杀死了忽辛，成为河中地区的唯一主宰。在蒙兀儿斯坦则发生了哈玛鲁丁的反叛。哈玛鲁丁是播鲁只的三弟。播鲁只死后，图古鲁克帖木儿将其官位授与了播鲁只的七岁儿子忽岱达。哈玛鲁丁乘忽岱达年幼之机，企图夺取掌管朝政的权柄，但遭到图古鲁克的反对。图古鲁克汗死后，哈玛鲁丁杀死了亦里牙思火者及其家族成员18人，夺取了汗位。哈玛鲁丁虽励精图治，但由于众异密的反对，使国内纷争不已，在帖木儿数次袭击之下，哈玛鲁丁被迫逃往伊利汗国。1388年，帖木儿征服了蒙兀儿斯坦，但只据有天山南路的阿克苏和喀什噶尔地区。天山北路为瓦剌部所据。

　　西部汗

　　可能是为了便于牵制察合台系诸王的势力的缘故，合札罕从窝阔台的后裔中择定答失蛮立为汗。这是阿里算端之后成为察合台汗国之汗的第二个窝阔台系诸王。这显示出窝阔台汗国虽然灭亡，但窝阔台系诸王仍然有相当的势力。据阿不勒·哈齐说，答失蛮是海都之子。现将宏达迷儿和阿不勒·哈齐的叙述录之如下：“迷里·合札罕选择窝阔台合罕之后裔答失蛮为察合台兀鲁思之汗。这位诸王统治了两年之后，迷里·合札罕下死了他”。“迷里·合札罕把成吉思汗之子窝阔台之子合失之子海都汗之子答失蛮汗立为一国之主”。

　　答失蛮只做了两年汗，“为了让成吉思汗之子察合台之子抹土干之子也孙脱之子八剌之子都哇薛禅之子速儿忽代之拜延忽里之子为汗，合札罕又杀死了答失蛮汗”。按宏达迷儿的说法：合札罕处死答失蛮之后，“拜延忽里汗成了察合台之主。拜延忽里乃都哇汗之子速儿合秃斡兀立之子”。照此说法，则拜延忽里为都哇系诸王。在拜延忽里之后，由大臣扶立的几个汗都是都哇系诸王。

　　合札罕任情废旧汗立新汗，操纵朝政的作法，必然引起其他贵族的嫉恨。据宏达迷儿记载，有一位“叫火都鲁帖木儿的人竖起了反抗合札罕的旗帜，在一次行猎中杀死了他。事成后，他从昆都思之边跑走”。按作者的说法，火都鲁帖木儿娶了合札罕的姐妹。由于蒙古人同一氏族内不得通婚，所以火都鲁帖木儿必然是非巴鲁剌思族的异密。合札罕死后，其臣属追至昆都思，杀死了火都鲁帖木儿。火都鲁帖木儿反抗合礼罕只能采取偷袭的办法，他杀死合礼罕后立刻出逃，很快又被合礼罕部下杀死，说明以合礼罕为首的巴鲁剌思氏贵族控制了朝政，实力大于割据各地的诸侯。

　　合札罕死后其子米儿札·乌巴都剌继承父位，决定以撒麻耳干为王都。按宏达迷儿的说法，火都鲁帖木儿杀合札罕的时间为回历760年(1359)。合札罕在1346年击杀合赞算端汗至其死，专擅朝政，控制汗位达十三四年之久。乌巴都剌承袭父位后不久，竟因为贪求拜延忽里之王妃，杀死了拜延忽里汗，另立帖木儿沙为汗。宏达迷儿说得很清楚，帖木儿沙是“在迷儿札·乌巴都剌的意志下登下王位的。”

　　舍札罕家族的这种玩弄汗位于殷掌的作法，引起了另一支巴鲁剌思氏贵族的不满，他们就是后来帖木儿所源出的那一支巴鲁剌思氏。据宏达迷儿记载，就在迷儿札·乌巴都剌操纵朝政时，迷里·拜延·速勒都思(Bian Seldouz)与哈剌察儿那颜之子也速蒙哥的拍代哈只·巴鲁剌思联合在一起，起兵反抗合札罕家族专擅朝政。他们征集了一支大军，向撒麻耳干开去。帖木儿沙与迷儿札·乌巴都剌闻讯出动，前来迎战，随之发生一埸战斗，帖木儿沙汗和乌巴都剌被杀。速勒都思氏贵族拜延很快征服了整个河中，自称为王。

　　长期控制朝政的合札罕家族被推翻，帖木儿沙被杀后形成的汗位空缺，把河中之地进一步引向混乱。速勒都思氏贵族拜延，虽然征服了河中，自称为王，但按宏达迷儿的说法，他是一个性格柔弱的人，“他醉心于狂饮和对妇女施以暴行，于是混乱潜入了图兰许多州的政府。野心和权力的欲望进入了所有人的心和所有人的精神。”在这种情况下，河中各地诸侯纷纷裂士割据。据宏达迷儿记载，哈只·巴鲁剌思“在渴石城揭起了独立的旗帜”。在他的四周，有忽毡的巴也息忒，有巴里黑的速勒都思氏贵族不花，此外在乞不儿罕之地还有诸侯麻哈没的·火者·阿伯儿地。而合札罕的势力尚未复灭，其子迷里·毛拉之子迷里·忽辛和迷里·黑的儿·牙撒兀儿也”已重新聚集了一支大军，继续入侵这一地区，并沉醉于充任统帅的迷梦之中”。

　　实际上，在合赞算端死后的十几年中，河中之地的大臣擅权只是一种现象，他所反映的实质是，成吉思汗家族对河中之地的统治就要结束了，一个新的朝代将要代之而起。

　　秃忽剌家族

　　在十四世纪后半叶，人们可以看到，秃忽剌是斯坦的一个十分重要的部落，但其来源尚不清楚。海答儿在述成吉思汗分封四子时说，在给诸子指定了土地之后，成吉思汗又以同样方式划分了军队和异密。在划分中，秃忽剌成了察合台的份子。察合台委之以四界察赤、叉力失、亦思宽和撒里畏兀儿。在此范围内，有可失哈儿和忽炭。海答儿还说，被置于引地的秃忽剌人是异密巴卜打罕，这一职务由其子孙承继，直至米儿札·阿巴·巴黑锻造时。

　　从秃忽剌这个姓氏来看，在察合台汗国的初期中和中期，几乎不过人所知，未见其族中有什么人起过什么重要作用。至于卜剌只的祖父兀儿秃不受封于察合台的说法也是不值一驳的。卜剌只时代上距离察合台时代时间已逾百年，即使卜剌只的祖先真的受过察合台的封土，也决不可能是其祖父。可能的情况是，秃忽剌家族在至元末年，元朝放弃斡端、可失哈儿以后，作为都哇的官吏来到所谓Mangalài Suyah之地，不可能是把整个Mangalài Suyah封给他。因为当时亦思宽一带是察合台系诸王的禹儿惕，拔汗那之地也在察合台系诸王手中。直至宽阇死后，怯别还曾把斡端之地授予宗王阿里，命他掌管斯坦。海答儿记载的这一传说，当时在诸侯割据时代，秃忽剌家族为了表示地位不低于其他诸侯而编造出来的。

　　不过到了元末，秃忽剌家族成了统治察合台汗国东部势力最大的诸侯。这一家族的兴起应与巴鲁剌思氏的合札罕家族、哈只家族和速勒都思氏的拜颜家族一样，在答儿麻失里死后察合台系诸王争夺汗位的过程中迅速发展起来。合赞算端汗被弑后，合札罕扶立了答失蛮汗，各地诸侯也纷纷寻找察合台后裔拥立为汗，这些被诸侯拥立的汗，被阿不勒哈齐称作“部落之王”。统治东部的秃忽剌家族也不甘落后，他们也积极物色合适人选，以图扶立为汗。卜剌只寻找的秃忽鲁帖木儿，并拥立为汗的背景就是如此。秃忽鲁帖木儿所称之汗，在开始就是这样一个“部落之王”。了解了这个背景，就可以理解元末统治察合台法国东部的秃忽剌家族大臣卜剌只为什么要不辞苦地去寻找察合台的后裔，并且在找到秃忽鲁帖木儿之后，又为什么要伪造他是也先不花汗之子，扶立为汗的这一系列行为。

　　1363年，秃黑鲁帖木儿死，东察合台汗国发生内乱，布拉吉之弟卡玛鲁丁夺取了政权，并残杀秃黑鲁帖木儿的子女及眷属18人。1389 年，幸存的秃黑鲁帖木儿的幼子黑的儿火者即汗位，建都于别失八里;1418年，黑的儿火者之孙歪思汗，又把国都迁到亦力把里(今伊宁市)，所以东察合台汗国也称“别失八里国”和“亦力把里国”。

　　东察合台汗国

　　东察合台汗国时期，哈萨克族在楚河、塔拉斯河流域形成，成为中华民族的一员，为开拓祖国边疆、发展西域经济作出了重大的贡献。

　　哈萨克族是我国古老的民族。公元前2世纪，生活在伊犁河谷和七河流域的乌孙人，融合了塞种人和月氏人成为哈萨克族的先世。此外，6—13世纪生活在这一地区的西、突骑施、葛逻禄以及康居、阿兰、咄陆、铁勒等部落和部族也融合到哈萨克中。13—14世纪，哈萨克部落处于钦察汗国和察合台汗国的统治之下。1456年，克烈汗和贾尼别克汗率领哈萨克人在楚河流域建立了哈萨克汗国，都城为土尔克斯坦城。汗国的建立对哈萨克民族的形成具有决定性的作用。1589年，哈萨克人及其分布地区分三个玉兹，大玉兹分布于巴尔喀什湖南部及伊犁河到锡尔河之间的广阔地区;中玉兹分布在大玉兹之北，即巴尔喀什湖西北草原地带;小玉兹分布在今哈萨克斯坦西部。后来，大、中玉兹服属于准葛尔部，小玉兹被沙俄吞并。

　　314年，原本让位与自己哥哥也先不花的察合台汗怯伯复位，把国都从阿力麻里迁至撒马尔罕，在河中地区提倡农业，实行改革，而也先不花汗则坚持游牧传统，察合台汗国开始分裂为东、西两部。东部以阿力麻里为中心，包括喀什、吐鲁番一带;西部以撒马尔罕为中心，统治河中地区。今新疆绝大部分地区在东察合台汗国统治之下。也先不花为东部汗，怯伯为西部汗。也先不花、怯伯死后，西域蒙古各部各自为政，互相攻杀。1348年，统治天山南路的杜格拉特部权臣布拉吉找到一个18岁的贵族秃黑鲁帖木儿，宣布他是也先不花的儿子，并在阿克苏拥立为汗。历史上把秃黑鲁帖木儿统治的地区称为东察合台汗国。秃黑鲁帖术儿是第一个信奉教的蒙古汗，他用强制手段迫使天山以北16万蒙古人改信教。

　　东察合台汗国也称“别失八里国”和“亦力把里国” 。东察合台汗国从1348年建立，历经8代、15位汗主政，到1514年被叶尔羌汗国取代，计立国166年。而西察合台汗国在秃黑鲁帖木儿死后不久，便被自己的将军帖木儿夺取了政权。