1636年4月丙子(明崇祯九年，朝鲜仁祖十四年，后金崇德元年)，皇太极正式由汗改称皇帝，改国号大清，族名满洲。他事先将此事通报朝鲜，希望朝鲜参与劝进。朝鲜闻讯大哗，积累近10年的憎恶、羞辱情绪一并迸发。朝鲜臣僚纷纷痛切陈词，“使彼虏得知我国之所秉守，不可以干纪乱常之事有所犯焉。则虽以国毙，可以有辞于天下后世也”。在一片慷慨激昂的气氛下，仁祖拒不接见后金使团，不接受其来书。后金使团愤然离开汉城，沿途百姓“观者塞路，顽童或掷瓦砾以辱之”。该年四月，皇太极在沈阳正式举行称帝大典，朝鲜使臣罗德宪、李廓拒不下拜。

　　皇太极非常气愤，认为这是朝鲜国王有意构怨，同年12月，皇太极以朝鲜违背盟约为由，准备入侵朝鲜。派济尔哈朗守沈阳，阿济格、阿巴泰守辽河入海口以遏明军，皇太极亲自率领清军十二万入侵朝鲜。皇太极令多尔衮、豪格分统左翼满洲、蒙古兵，从宽甸入长山口;户部承政马福塔 等率兵三百人突袭朝鲜王都汉阳城，多铎、岳托等人率数千兵马接应。皇太极与代善率其他各路军马进攻朝鲜。马福塔、多铎等部袭败了汉阳守军，而在此时的京畿之内“上下惶惶，罔知所为，都城士大夫，扶老携幼，哭声载路”。仁祖再次将王妃、王子和大臣妻子送往江华岛避难，自己则率领文武百官退守南汉山城等待各路勤王军的到来，同时派出崔鸣吉等人赴清营谈判，拖延时间。朝鲜请和书中写道“朝鲜国王谨上言于大清宽温仁圣皇帝：小邦获戾大国，自速兵祸，栖身孤城，危迫朝夕……如念蒙丁卯誓天之约，恤小邦生灵之命，容令小邦改图自新，则小邦之洗心从事，自今始矣。必欲穷兵，小邦理穷势极，以死自期而已”云云。

　　随后清军主力渡镇江，占领郭山城，定州、安州不战而降。清军乘临津江结冰之际渡江攻占汉阳，会合各部包围南汉山城。朝鲜各处守军见国王被围，纷纷前来支援，但先后被清军击败。

　　皇太极见朝鲜君臣求和之切，毫无斗志，乃对其迫降，下令清军包围南汉山城，伐木列栅，绕城驻守，山城内粮草断绝，不得不杀马充饥。各路勤王军队也被清军击败，朝鲜君臣只有坐困孤城。仁祖曾经爬到南汉山城的南门，看到城下清军黑压压一片，不禁长叹。清军在望月峰上升白旗书招降二字，又致书仁祖，令其出城投降。仁祖则复书“重围未解，帝怒方盛”，所以不能出城请降，“古人有城上拜天子者，盖以礼有不可废，而兵威亦可怕也……”。见朝鲜方面还在纠缠于出城投降的细节，不耐烦的皇太极下令用火炮攻城，同时遣多尔衮袭破江华岛，俘虏朝鲜王妃、王子、宗室、群臣家属等76人。

　　1637年(崇德二年)正月，朝鲜全罗道、忠清道等地的援军赶到，先后杀死了满洲大将扬古利、佐领固山、达兰、骁骑校僧锡、云骑尉鄂海，参领特穆尔，佐领弼雅达、阿纽、都敏，但是依然不能挽回败局。

　　皇太极遣使，要求朝鲜仁祖出城投降。见大势已去，仁祖只好求和，正月三十日，仁祖将亲明反清的主要人物弘文馆校理尹集、修撰吴达济及台谏官洪翼汉缚献清军，率领群臣出南汉山城，脱去王服，改穿青衣，徒步前往汉江东岸的三田浦清营拜见皇太极，伏地请罪，行三跪九叩之礼。

　　皇太极降旨赦之。双方筑坛盟誓，朝鲜去除明朝的年号，缴纳明朝所赐诰命敕印，奉清朝正朔，定时贡献，并送质子二人。此外，朝鲜朝廷中主战最坚决的洪翼汉、尹集、吴达济三人被清军索要，在沈阳就义，号称“三学士”。此役为朝鲜历史上著名的“丙子虏乱”。

　　双方签订和议：

　　朝鲜成为清朝的藩属国。 接受清朝的册封，朝鲜断绝与原宗主国明朝的关系。 朝鲜仁祖以其长子李溰、次子李淏赴清朝作人质。 世子李溰长居沈阳，另外一质子则由凤林大君和麟坪大君轮流担任。朝鲜应向清朝朝贡。每年黄金百两、白银千两、水牛角二百对、貂皮百张、鹿皮百张、茶千包、水獭皮四百张、青黍皮三百张、胡椒十斗、腰刀二十六口、顺刀二十口、苏木二百斤、大纸千卷、小纸千五百卷、五爪龙席四领、花席四十领、白苎布二百疋、绵绸二千疋、细麻布四百疋、细布万疋、布四千疋、米万包。 清朝攻打明朝所属的岛屿皮岛时，朝鲜应该出兵、出战船五十艘协助。 清朝禁止朝鲜大量修建城堡等防御工事。 在一系列仪式之后，朝鲜服属了清朝统治，并在三田渡地区建立“大清皇帝功德碑”(即三田渡碑)。皇太极随即撤军归国。

　　在满洲贵族的军队入侵朝鲜的过程中，朝鲜对明朝一直怀着等待拯救的信念，甚至打算国家灭亡也不对满洲人投降。丙子虏乱中，国王的态度是“唯望父母邦之来救矣”。“壬辰之役，微天朝则不能复国，至今君臣上下，相保而不为鱼者，其谁之力也?今虽不幸而大祸迫至，犹当有陨而无二也。不然，将何以有辞于天下后世乎?”。宁愿灭亡也不愿背离华夏，重要的理由还有无法面对“天下后世”。这一切的动机背后是巨大的伦理决择与价值判断。朝鲜“宁获过于大国(指满清)，不忍负皇明”。而在战败被迫投降之后，即使是“身在满营心在汉”，朝鲜国王仍在自身心理的道德自律感上背负着沉重的压力感。“正月朔乙丑，上于宫庭设位西向中原哭拜，为皇明也。”。而在其子孝宗国王的记载中，这位仁祖大王每当“语及皇明，至于呜咽不能言”。由于此种内在的道德压力与深切自责，朝鲜国甚至在发生了虚造的传言。据说“(日本)关白执政辈，以朝鲜与鞑靼合，莫不骇愤，将欲兴师而来”。惊恐之中，正是集体意识中对道德要求的执着与自责意识。

　　结果

　　清朝将五十万朝鲜人作为俘虏押回国充作奴隶，并掠走朝鲜大量物资，后来朝鲜政府向清朝支付赎金赎回了一些人。根据协议，朝鲜被迫与明朝断交，接受清朝的册封，成为清朝的藩属国。根据规定，朝鲜使用的年号由明朝年号改为清朝年号。洪翼汉、尹集、吴达济三人被清军抓往沈阳杀害，号称“三学士”。

　　虽然朝鲜屈服于清朝的统治，但朝鲜人民对清朝非常反感，称清朝为“胡虏”。这种敌对的称呼和态度，在《朝鲜王朝实录》中比比皆是。朝鲜方面仅仅在外交上使用清朝年号，在国内则不使用，称为“某某王某某年”，例如“仁祖大王十二年”等等。不少士人尊崇明朝，使用“后崇祯”年号，致使“崇祯”这个年号被朝鲜士人沿用数百年。而在朝鲜孝宗在位期间，朝鲜甚至密谋起兵，联合日本江户幕府、南明反对满清，后来又计划响应三藩之乱和明郑政权。但北伐计划最终因财政困难而计划搁浅。

　　在外交方面，朝鲜建立迎恩门以迎接清朝勅使，在1637年至1881年之间，朝鲜先后161次接待清朝勅使。朝鲜每年四次向清朝进贡(1644年后改为每年一次)，直到甲午战争清朝战败为止。而在甲午战争清朝战败之后，迎恩门被拆毁，改建独立门。

　　影响

　　具有高度发达的儒家文明、以“小中华”自居的朝鲜，沦为落后的山林狩猎民族建立起来的清朝的藩属国，在当时的朝鲜是令君臣、黎民都痛心疾首的事情，丙子虏乱对朝鲜社会、文化的冲击非常大。国王和文武两班大臣的权威一落千丈。清朝的征索也加重了朝鲜的负担。经济掠夺、政治欺压、文化差异，使得终朝鲜之世，思明反清的情绪一直都是社会思潮的主流。

　　在华夷秩序的天道伦理之自然性中，“华夏”即意味着对高尚的文化与族群正义性，对中华的彻骨认同即是对文化与族群尊严的彻骨认同。因此，朝鲜也向来乐于自已“小中华”的美称。“吾东方自箕子以来，教化大行，男有烈士之风，女有贞正之俗，史称小中华”。“山川险隘，人民多贫。只以稍遵礼俗，自古中国亦许之小中华”。

　　对于丙子虏乱，从一百多年后朝鲜人朴趾源的记载中，仍对当时明朝的态度心怀感激：“崇祯丙子清兵之来也，烈皇帝闻我东被兵，急命总兵陈洪范调各镇舟师赴援。洪范奏官兵出海，而山东巡抚颜继祖奏属国失守，江华已破。帝以继祖不能协图匡救，下诏切责之。当是时，天子内不能救福、楚、襄、唐之急，而外切属国之忧，其救焚拯溺之意，有加于骨肉之邦”。

　　清朝班师途中顺势攻陷皮岛，拔除了明朝在辽东沿海的最后一颗钉子。