现如今，经考古发掘出土的尸骨主要有以下几种处理方式：

　　第一种：保存在博物馆以供研究

　　有一些古墓，距今已经有数千年的时间，墓主人的尸骨大多腐烂了，只剩下些许骨骼碎片。但这种尸骨，仍然具有相当高的考古研究价值。它们对于鉴定墓主人的性别、去世原因和年龄等信息具有决定性的作用。而在研究之后，这些尸骨会被博物馆收藏。

　　第二种：极少数会被回埋进古墓或者火化

　　目前发现的古墓中，占绝大多数的还是普通老百姓的墓葬，皇室贵族的大墓相对来说还是少数。而这些普通的古墓，大多数不会有很高价值的随葬品，墓葬也比较简单随意，所以研究价值相对较低。若是这种古墓经过了考古发掘，一般来说都是将古墓的信息记录存档，若是墓主人的尸骨还在，通常情况下会回埋，若是不具备回埋条件的，则会火化。

　　第三种：展览

　　有些博物馆会展览一些古代尸骨，比如说湖南马王堆汉墓出土的辛追夫人，还有新疆的楼兰美女等等。像这种保存如此完好的古人尸骨，真是极其少见，所以它们也是国宝级的文物，具有极其珍贵的研究价值。每年，博物馆都需投入大量的人力和物力来保护它们。

　　第四种：因某些特殊原因被损毁或丢失

　　这种情况一般都是发生在特殊的年代。之前郭沫若主持发掘的明定陵，万历皇帝的尸骨就惨遭不测。由于当时的条件有限，万历皇帝的棺椁在没有保护措施的情况下就被开棺了，开棺之后也没有及时对尸骨进行保护，而是任由其暴露在空气之中，在这种条件下，万历皇帝的尸骨以极快的速度腐烂。而到了上世纪的七十年代，万历皇帝的尸骨被人一把火给烧了。

　　隋炀帝墓被发现时，在墓中找到了两颗牙齿，经鉴定，这两颗牙齿的主人为50岁左右的男性，这一点基本与杨广过世时的年龄相符合，所以很快就确定杨广就是一号墓的主人，而二号墓内所安葬的是一具女性尸骨，年龄在56岁以上，身高大约1.5米，结合相关的史书记载，基本断定墓主人就是萧后。

　　根据史书记载，杨广被人勒死之后，萧后将床板拆掉当做棺材，悄悄地把杨广埋葬在流珠堂。隋炀帝去世之后五个月，他的旧部陈稜将他迁葬于吴公台。唐朝的时候，因为李渊和杨广的亲戚关系，又将他的墓迁到雷塘。经过多番折腾，杨广的尸体饱受摧残，因牙齿是人体上最坚硬的部位，这才得以保存。

　　宋理宗的陵寝被杨琏真迦所盗，为了得到尸体中的水银，杨琏真迦将宋理宗的尸体倒挂在树上，之后更是取走了理宗的头骨做成了酒器。当时有一绍兴人，名叫唐珏，不惜变卖家财，宴请乡里，以此鼓励大家和自己一起收埋先帝遗骨，之后他们捡来一些兽骨放入墓内，达到了以假乱真的地步，唯有宋理宗的颅骨没有更易。

　　到了明朝初年，朱元璋得知此事之后，长叹不止。命人务必找回理宗的头颅，找回后，以帝王之礼重新安葬在南京，第二年又重新归葬绍兴永穆陵。

　　乾隆皇帝的裕陵被盗之后，其尸骨混入墓中的泥浆之中，根据《东陵盗案汇编》中、记载："捡得肋骨一条，脚骨二块，膝骨一块。"随葬的后妃尸骨也被损毁殆尽。在东陵被盗40天后，溥仪派人前往重敛尸骨，发现墓中尸骨全碎，只剩下4个头骨，其中一个头骨较大，被认为是乾隆的头骨。