位于汕头市东南出海口，距离市区约3．6海里的南北航道中间，有一面积不足一平方公里，古名为“马屿”的海岛，每年有数以万计的渔船和其它船只停泊于此避风或待航。

    末代淳熙年间，停泊马屿的福建渔船渔民为求妈祖庇佑海上航行安全，与当地船民及商贾到福建湄洲组庙请来妈祖香火，在岛上创建一简陋狭小的妈祖庙以供朝拜。此后，来岛进香拜谒海上女神的越来越多，“马屿”也逐渐被改称为“妈屿”。

    有了妈祖庙，妈祖的圣事很快传播到潮汕各地。乘船过海上岛的善信者络绎不绝，朝拜后将带来的活鸡放生在岛上，任其孳息，时日长久，满山鸡群，故而“妈屿”又名“放鸡山”。

    明代，妈屿海域盗贼猖獗。时任南澳岛副总乒何斌臣奉命海面剿寇，悉知妈祖显圣，出兵前特到岛上祷祝妈祖庇佑，并许愿能剿贼擭胜，即拓新庙宇。后出师凯旋，于明万历四十八年正月望日卜地开鸠基工，五月朔日遂告落成。

    古庙历经沧桑。清咸丰八年重修，后又倒塌。民国十七年，由汕头市总商会发动扩建。改庙为由山门和正殿组成一厅二间，釆川石木雕建筑构件，屋顶为硬山形式，屋脊有嵌瓷装饰，只有潮汕古建筑的地方特色。
   
    1979年，妈屿辟为旅游区，妈屿天后宫香火旺盛，到这裹来朝拜的善信逐年增多，一些回国探亲的海外侨胞及港澳台同胞，特地到蚂屿朝拜妈祖庇佑功恩。

    香港九龙叶辉女士来岛朝拜，见庙宇残破，捐资为妈宫屋脊重新嵌瓷“双龙夺宝”，使旧庙焕然一新。普宁侨商张百花夫妇也解囊捐资修葺庙宇。

    洼濠旅港同胞蔡振廷先生捐资4 0多万元建设“戏台”及“石牌坊”。旅居泰国、新加坡、马来西亚、印尼、美国的华人及港、澳、台同胞也热忱捐资倡议重建妈祖庙。

    1980年，妈屿村成立集体管理组织——妈宫理事会，建立规章和财务管理制度，规定乐善捐款主要用于庙宇修建和环境建设，善信捐助钱物归集体；动员妈宫管理人员集资经营香烛及纪念品市部，以盈利解决工资分配。

    1988年，妈屿妈宫被列为汕头市文物保护单位。1990年，妈宫扩建，获海内外善信响应，择日于庚午年中秋日奠基，癸酉年(1993年)农历3月17日竣工落成。宫庙建筑面积由原来的163平方米增至365平方米。开光庆典期间，近万人位临参观朝拜，是时香烛浓烟满天，航运客轮来往穿梭，庙内外人群摩肩接踵，挤得水泄不通，锣鼓声、鞭炮声响亮震耳，是岛上有史以来参拜范围最广、人数最多的一次盛会。