学童读完私塾以后，经过一定的考试，有能力、有条件继续求学的便可以进入书院了。
书院由山长主持，下设正副斋长各一人，不担负教学任务，专管杂务。书院的经费，不由地方政府负担（成都的“尊经书院”属于特例），主要依靠自身的不动产和一些社会捐赠。这些款项中有一个专门的    机构负责管理，其主持人往往是当地的头面人物。有时，寺庙的捐赠是书院收的重要来源。如，金堂梵音寺古庙建于明末清初，有庙产150余亩。清末，金堂士民集资办学，庙内僧众捐赠庙产100余亩，仅留24亩作为每年寺庙的香火费用及僧人生活费。
    书院定时考试，每月至少三次，多则五六次。考试分官课与私课两种，由地方款项开支奖金的为官课，由书院本身开支资金的为私课。考卷分一、二、三等，按等授奖。这种奖金称为“膏火”，有些寒士凭膏火就可以维持生活。
    旧时，四川的书院是比较普遍的，如射洪县就有三个比较著名的书院：金华书院在城区，广寒书院在太和镇，东山书院在洋溪镇。金华书院的历史最为悠久，创建于元代至正九年，后遭毁坏，清乾隆十九年重建，里面供奉陈子昂（唐代大诗人，射洪人）等先贤神位，经费充足，藏书丰富。广寒书院建于清道光二十八年。同治十三年改建，规模颇大，制度完备。民国以后，改为县立中学。东山书院建于清同治八年，民国以后改为第三高小，继改为初中。除上述三个书院外，民国初年，太和镇平安寨登云寺后面还建了一所新书院，作为研究国学之处。
    随着社会的变革，四川的书院后来陆续演化为现代的学校。

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