明王朝平蜀后，置四川承宣布政使司，又置四川都指挥使司和提刑按察使司，合称“三司”，分掌行政、军事、司法。各地府、州、县地方政府相继建立起来。在县以下，普遍建立里甲机构，在城市建立坊厢机构，使王朝的赋役征调得到保障。为了统治多民族的四川地区，明朝在四川大力推行土司制度，先后在川建立15个土司地区。由于条件不成熟，时常引起少数民族的反抗。1450年，高（县）、珙（县）、筠（连）、戎（兴文县）的夷人反抗汉官“下砦征粮害我”，进攻县城。正德年间，都掌蛮发动起义，明军14万人围剿，了起义。而万历年间苗族土官杨应龙和天启年间奢崇明、安邦彦的举事，则属有割据野心的世袭土官的反叛。明朝中叶，四川人民赋税沉重，地主兼并土地日益严重，不断引起农民起义，并波及陕、湖、贵等省。

1278年，元朝宣布“川蜀悉平”，下令尽行拆毁各地抗元城寨堡垒。元初，分全国为11个行省。1286年，在成都设置“四川等处行中书省”，简称“四川行省”。元朝以省统路，路统府、州，府、州统县。元朝把全国人民分为蒙古、色目、汉人和南人等，四川人民被定为汉人，遭受元朝的民族歧视和压迫。元朝一代，四川极少动荡，政局比较稳定。至元末红巾军起义，明玉珍建大夏国，始有较大战火，此时距元朝灭亡已为期不远了。

公元前314年，秦王朝废除巴国原有机构，设立巴郡，郡下置县，郡治江州（今重庆市）。规定了巴人向中央王朝纳贡、负担徭役，并制定了爵位和赏罚等法律制度。秦对川西蜀国的统治分为两步：首先废除王位制，实行封侯制，以稳定政局，收服民心。公元前285年，在制服了蜀人的一系列反秦活动后，改蜀国为蜀郡，实行郡县制，秦王朝委派官员实施管辖统治，最终结束了割据状态。秦在巴蜀地区大力推行《秦田律》，设立盐、铁、市官，稳定了封建统治，建立起正常的封建秩序，促进了四川经济的进一步发展。

581年隋朝建立，隋文帝以其第四子杨秀为益州刺史、总管，并封为蜀王。次年设置西南道行台尚书，以杨秀为尚书令，总揽四川的军政大权。583年，废除郡制，省并州县，又在少数民族地区开置州县，在益州设总管府拱卫京师，在遂州（今遂宁）、泸州、利州（今广元市）、信州（今奉节）、会州（今茂县）亦置总管府。607年，又改州为郡，实行郡县二级制，在今四川地区共置24郡。蜀王杨秀骄奢淫逸，残害人民，任用小人干预军务，又大兴土木扩充宫殿。601年，隋文帝召回杨秀，改派总管。隋炀帝即位后，横施，引发了农民起义。但隋末农民起义基本上未波及到四川，使这里成为全国少有的安定地区。更多历史文化探寻：历史上的今天

宋元时期四川科技有长足进步，尤以医学和数学上的成就卓著。北宋杰出的医学家唐慎微，蜀州晋源(今崇州市)人，寄籍成都，终身行医不仕，编成我国第一部完备的药典《经史证类急备本草》，正文与图经相合，每药之后附入制药方法和古今单方。此书徽宗时易名《政和本草》，明李时珍的《本草纲目》即是以此书为底本增补考证而成的。杰出的数学家秦九韶，普州安岳人，精历算、天文、营造、音律之学，1247年写成《数学九章》(又名《数书九章》)18卷，书中完整地叙述了联立一次同余式解法和一元高次方程的数值解法，这两项成果比西方分别早出500余年和800余年，备受后来国际学术界称赞。北宋著名天文学家张思训制造了世界上第一台自动天象仪——太平浑仪，在天文学和机械制造方面都取得了极大的成就。更多历史文化探寻：历史上的今天