其书中云：“……昔者宋之亡也，区区海岛一隅，仅如弹丸黑子，不■时而又已灭亡，而史犹得以备书其事。今以弘光之帝南京，隆武之帝闽越，永历之帝两粤、帝滇黔，地方数千里，首尾十七八年，揆以春秋之义，岂遽不如昭烈之在蜀，帝■之在崖州，而其事渐以灭没？……”《与余生书》直接写出了南明政权弘光、隆武、永历三壬年号，且信中又将南明小王朝与三国时期偏居川中的蜀汉、南宋末年退守崖州的宋帝■相提并论。这毫无疑问触动了清统治者敏感的政治神经。康熙龙颜大怒，刑部遂穷究猛治，以“大逆”定狱，提出了株连九族的惩办意见，拟将戴名世凌迟处死，其“弟平世斩决，其祖、父、子孙、兄弟、伯叔父兄弟之子，俱解部立暂，其母女妻妾姊妹、子之妻妾、十五岁以下子孙、伯叔父兄弟之子，给功臣为奴”。康熙五十二年（公元1713年）二月又下诏“法外施仁”，把戴名世凌迟改为斩首，其家人等皆加恩宽免。

　　与此事有瓜葛被株连者甚众。为刻《南山集》出资的尤云鹗、刻《南山集·孑遗录》的方正玉、为《南山集》作序的方苞等人以绞刑论处。后来康熙又出于收买人心的需要，将原定处死的近百人改为流徒黑龙江宁古塔，罚入汉军旗籍。这时余湛已先死于狱中。后来康熙得知方苞擅长古文，是个难得的人才，遂又下令将其召回，赦免其罪，加以任用。又因《南山集》多采用方孝标《滇黔纪闻》中所载南明桂王明史事，遂牵连至方氏宗族，一并治罪。当时方孝标已经去世，亦因《滇黔纪闻》文字案被剖棺戳尸，妻儿等人被发配流放于黑龙江（后亦被宽免），财产尽没入官。《南山集》案牵连人数达三百人之多，是清前期较大的一桩文字狱案。而戴名世、方孝标的所有著作及书板被清查以烧毁，列为禁书。戴名世死后，由其弟辅世自京扶梓回故里，葬于所居南山冈砚庄之南。

　　戴名世究为何故被赵申乔参劾，二人是否真如赵申乔在奏疏中所特意声明的“素无嫌怨”？《南山集》一案是否罚不当罪，又何故牵连人数如此之广？历来说法纷陈。清末民国初人周贞亮在无名氏《记桐城方戴两家书案》辩证后所附“识语”说，戴名世会试时名列第一，殿试却屈居第二，仅为“榜眼”，而状元赵熊诏就是赵申乔之子；且戴名世在士林中素享盛名，赵熊诏则才名不显，当时不少人传言赵因贿赂而为状元，赵申乔故先发制人，罗织罪名置戴于死地，以断他人追究之想、塞他人议论之口云云。这一传闻听来虽不为无理，但真凭实据却难以稽考。戴名世与明末清初时的一批遗民毕竟是不同的，他是清王朝科举进士，他早年与清廷不合作的态度到了后期已发生明显转变。他于桐城南山砚庄“隐而复出”，就是他改变态度与清廷合作的突出标志，他已经开始积极为清政府服务了。

　　《南山集》一案，究其原委，只是因为戴名世《与余生书》中叙弘光帝南京一段，并于文中书“永历”年号等；至于《孑遗录》，虽然记述了明季桐城被兵乱始末，有弘光年号，但也并无特别直接触犯清廷权威的言论。对于南明年号问题，乾隆四年曾修明史，特别到了嘉庆朝，皇帝特谕：甲申以后存福王年号，丙戍以后存唐王年号，戊子以后存桂王年号。这实际上已经不存在因写南明年号而获罪的问题了。《南山集》案之所以处置如此酷烈，株连如此广泛，还是由当时清王朝的政治大气候所决定的，也就前文所说的清廷对知识分子进行思想钳制的需要。中国历史上许多王朝在创建不久，几乎都要紧系文网，对文人进行弹压与恐吓，这似乎已成惯例，而清代尤甚。《南山集》案发时，明清之际的一批遗民如顾炎武、黄宗羲、冒辟疆等人虽已故去，但他们提倡“反清复明”、讲究“夷夏之别”的影响仍然存在，其弟子布于天下。清廷兴“庄史《明史》案”、“《南山集》案”，无非是借此起到敲山震虎、杀一儆百之作用。由于清政府抓住此事大作文章，《南山集》案就由单纯的年号、明史事而渲染成了旨在谋反的叛逆之举，戴名世也因此被推进了万劫不复的绝境，连清廷重臣大学士李光地亲自出面，“欲疏救于万死一生之地”，也“卒不可得”。

　　虽然如此，《南山集》中还是不少章节、言辞表现了一定的民族意识和爱国思想。集中用大量的篇幅记载明末清初的史实。史传文学如《朱铭德传》、《杨刘二王合传》、《杨维岳传》、《左忠毅公传》等，或歌颂抗清义士，或表彰入清隐居不仕、品节高尚的志士仁人。其中《左忠毅公传》记故明大臣左光斗事，较《明史》更为详尽具体。而如《弘光乙酉扬州城守纪略》一篇更是赞颂史可法守卫扬州、宁死不屈的英雄气概，并对清兵在扬州城破后七日的罪行加以揭露，全然不知辟讳，竟直书其事，表现出了戴氏作为“信史”的胆略。这当然也成为他遭祸的原因之一。

　　另外，戴名世品性高傲不羁，对达官贵族和那些欺世盗名的无耻文人非常痛恨。他在《南山集·北行日记》中就说自己常“酒酣论时事，吁嗟咄嘻，旁若无人”。这些犀利的言辞难免会触动一些人的“隐疾”，遭到忌恨。他在《与刘大山书》中曾说自己“古文多愤世嫉俗之作，不敢示世人，恐以言语获罪”。既使这样，他最终还是“以言语获罪”，这在当时也是一个正直文人悲剧性的必然命运。

　　戴名世在文学、史学方面都有相当大的成就。从《南山集》中可看出他的散文是沿着明代唐宋派的道路在发展，有其特色。他与桐城派方苞交往甚密，论文主张对桐城派古文的发展有一定影响。他认为作文当以“精、神、气”为主，语言文字为次（《答张、伍两生书》）。他又认为文章之所以能传神，关键在于“义理”，而“语气”则是从属之物（《有明历朝小题文选序》）。他提倡文章要平易自然而言之有物，反对藻饰剽窃，认为“自然之文”才是文章的最高标准，而文章只有讲究“精”与“神”才能达到“自然”的境界。同时，他又指出自然之文也必须“道、法、辞”三者均备，即思想内容、结构法则与语言应当完美结合，三者缺一不可（《与刘言洁书》、《己卯行书小题序》等）。所有这些主张都为桐城派的形成奠定了相当的理论基础。

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