顺治二年(1645)八月，清兵围攻徽州，金声(休宁人)、江天一(歙人)等聚众10余万人，在绩溪丛山关抵御清兵。金、江兵败被俘，是年，被害于南京。

    七月，黟县奴仆宋乞、朱太等结寨起义，本县奴仆相继结寨响应。翌年三月，起义失败。

    十月，在徽城设立兵营。顺治四年，移至东山(今东山营村)。

    顺治三年正月，南明唐王朱聿楗兵进徽州，被提督张天禄率兵击败，其部将黄道周被杀。九月，南明崇阳王朱蕴钤率师进攻本县，被清副将张成功击败。

    顺治五年正月，南明江西守将金声桓在南昌率部反清复明，遣潘永禧等攻陷徽州。翌年，金声桓被清兵击败阵亡，徽州各县又纷纷归降清朝。

    康熙二年(1663)六月十六日，渐江和尚偕丰南吴羲(不炎)兄弟放筏西干，与许楚、程守、江注等觞咏其间，渐江作《石淙舟集图》记此盛会。

    康熙七年六月十七日，地震。

    康熙十三年八月，靖南王耿精忠在福建起兵反清，命部将宋标率兵攻占徽州。九月闽军败，宋标被俘。

    康熙四十六年春，皇帝南巡至扬州，岑山渡人程讷庵以小南海山寺图谒见。皇帝赐额“星岩寺”，赐联“山灵钟瑞气，溪色映祥光”。

    康熙五十七年六月，久旱，忽大雨，山洪暴发，西、北两乡冲毁农田、房屋，漂淹人畜数以万计．

    乾隆二十年(1755)，曹翰屏、曹映青兄弟在雄村创办竹山书院。

    乾隆二十二年十一月十六日戌时地震，次日寅时又小震。

    乾隆二十八年三月---t--日，大风，大树拔起，房屋刮倒，压死人畜无数。

    乾隆三十五年，知县张佩芳在县城创办问政书院。

    乾隆四十一年九月二十四日凌晨，大风、暴雨、雷电交加，击毁长庆寺塔顶。

    乾隆五十五年正月，大寒，许多树木冻死。次年歉收。

    同年，在文公祠旧址复建书院，名为“古紫阳书院”。咸丰、同治年间毁于兵燹。

    嘉庆二十五年(1820)，倭寇、海盗搔扰本县，各地组织兵勇队反击，倭寇、海盗逃遁。

    道光六年(1826)三月，府城东街起火，延烧200余家。

    咸丰五年(1856)二月初十，太平军首次攻下县城。

    咸丰六年三月，石达开率领的西征军一部，自江西乐干来徽，经本县西溪南、潜口、杨村，转道许村，出箬岭，去太平。

    咸丰十年八月二十四日，太平军再次攻下县城。

    咸丰十一年腊月，大雪，平地深5尺许，死者甚众。

    同治元年(1826)，大疫，全县人口锐减。

    同治三年六月十六日，太平天国天京失陷后，太平军将领洪仁汗、黄文瑛、范汝坤等保护幼王洪福填及忠王幼子李其祥等出走，经本县大洲源至正口，于八月十五日夜渡新安江，遭清军袭击，大部阵亡。

    同年，本县始办胡开文墨店。

    光绪二年，基督教堂创办西医诊所。从此西医传入本县。

    光绪二十六年，本县基督教堂在县城创办徽州最早的新式学校——崇一学堂。

    光绪二十七年三月，府城税务上顶发生火灾，烧毁店铺六、七十家。

    光绪三十年，始办邮政局。

    光绪三十一年，在县城九管创办官立两等小学堂(今城关小学)。翌年迁至县学宫明伦堂。

    同年，在唐模创办私立敬宗两等小学堂。

    在县城紫阳书院创办徽州第一所中等学校——新安中学堂，许承尧任监督。次年迁至府城旧试院(今文化馆、电影院一带)，民国3年更名为省立第三中学。民国17年井

  入休宁万安省立二师。

    光绪三十二年，在徽城创办本省第一所中等师范学校——徽州府紫阳师范学堂，许承尧任监督。

    同年，许承尧在唐模创办端则女子小学堂，此乃本省最早创办的两所女子小学堂之一。

    同年，建立县劝学所，管理全县教育工作，知县兼监督。民国12年改为县教育局。

    光绪三十四年，成立商务公所，后改称县商会。

    宣统二年(1910)，在深渡设立电报局。

    宣统三年，章文美在徽城开办诊所。此为本县人开办最早的西医诊所。

    宣统三年，武昌起义后，徽州府知府许月涵、本县知县宋灿弃官逃往九江，徽属各县相继光复。

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