晚清时期，徽州的民间信仰受到的外来冲击较小。歙县城中虽有英国耶稣堂和法国天主堂，但奉教者较少，“惟犯罪奸民偶借为护符焉”， “近（按：当指晚清）亦敛迹畏法，不敢多事”。 休宁有天主堂2所，耶稣堂1所。 祁门天主、耶稣两教，咸、同以后入教者甚属寥寥，光绪二十五年（1899年）间，教风最盛。翌年以后，“教风渐杀，彼此往来，渐见融洽”。 婺源天主教最早是在西乡董门竖造教堂，一时势焰极盛，奉教者相当多，其人员多是下层未受教育的民众，但不久也渐趋衰微。 在绩溪，“佛教盛于道教，天主盛于耶稣”。 绩溪县信奉天主教的在庚子年（1900）计有教民287人。由于他们在民间诉讼时能够得到保护，故而入教的人日见其多。但后来也逐渐衰微，仅有天主堂和福音堂各1所，信仰者也寥寥无几。 至于僻远山乡的黟县，“其奉天主、耶稣各教者，盖不多见”。

    与外来的西方宗教之寥落情形相比，徽州的本土民间信仰颇为活跃。如在歙县，通常有保安会，数年开光一次，游神演戏，科敛丁口。保安会所供奉的，主要有五瘟、大王、小王以及汪公、八、九相公。妇女喜欢崇拜观音大士，每年的六月二十四日，灵山雷祖会香火最盛，红男绿女纷至沓来，前后长达数昼夜。九、十月间，各乡又有“忏香会”，推年老而且在会时间长的人为“香头”，共同朝拜九华山的地藏王和齐云山的上帝，“旗锣诵佛，长途喃喃不休”。归来后设坛建醮7天，坛前列有数十百柱大香（称“屋柱香”），花费的金钱多达数百金至千金不等。二月二日，各铺户于堂中高悬土地财神衣，争妍斗靡。大、小村落之中，土地庙、财神庙和五福庙等随处可见。 在休宁，比较著名的迎神赛会有“黎阳磨豆腐”、“赣帮八月一”、差班的“土地会”、西关庙杨三舍人的“龙灯会”和城隍庙的“演戏赛会”等， 当地百姓虔奉巫医，“就乱（‘乱’疑为‘乩’字之讹）坛以请汤药，问灵姑以断疾病”。他们在隆阜建有华佗庙，在华山、马鞍山为吕祖塑像。“临溪周宣有灵，则焚纸鸡纸伞以报之矣”。牛一发瘟，就请神出游，“以为牛福”。在阳湖，“人一致疠”，即请神跑马。此外，城隍庙的扮鬼会，赴齐云山报父母恩，当地人更是相沿成俗。 在婺源，所奉为神道者也相当之多，主要有元帝（即玄帝）、关帝、汪王、周王、观音和地藏等神庥。民间的朝香、建醮、度孤和斋忏等信仰活动，也相当频繁。 而敛费酬神，如“同年会”、“戏会”、“土地会”、“社会”、“灶会”、“胡帅会”和“李帅会”等，不一而足。其中尤其著名的，如城乡的“四月八会”，东乡汪口的“三宝仙会”，北乡清华的“端阳会”，南乡中云的“重阳会”，“演戏至十余日，縻费至数百金”。 祁门人也相当重视地方神道，如岳帝、祖师、地藏、五显和土地，无不有会，一般百姓敬畏神明，每遇疾病，诚心祷祀。

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