但对跨湖桥遗址整体性的怀疑是显然缺乏科学的证据。跨湖桥遗址发掘两次，均确认了地层的原生性质，由于遗址埋没在深厚而纯净的湖相淤土层下，没有更早期或更晚期遗存的相互叠压。而且，这些所谓的晚期因素在附近地区根本不存在。至少在距今6000年后，浦阳江下游的史前文化在主体上已经纳入我国东南地区统一化的文明进程，物质文化的基本形态稳定下来，可以屏除例外的存在。从逻辑上讲，一个地方出现了奇特、陌生的文化现象，时间越早、越集中则合理，拖拉越长、越晚则悖理，因为文化融合、趋同是基本的发展方向。实际上，跨湖桥桥遗址的陶器如果抽去“方格纹”等抽象性概念，在制陶风格与陶胎特征上是非常统一的，例如，炊器陶质为夹炭含砂，其它器物均为风格极其一致的泥性夹炭陶。
　　研讨会的主题逐渐从具体问题扩展为考古学发展一般问题。应该如何看待新发现？如何摆脱模糊的经验主义羁縻？吴汝祚先生回忆河姆渡遗址、裴李岗遗址发现的经过，当初也是疑虑、问题一大片，但最后问题都被一一解决，而且都成为学科进步的突破口。严文明先生也认为要建立自己的新思路，不要套老框子，跨湖桥遗址是个有机的整体，在已经建立起来的文化序列中找不到位置，就往前搁。并举例说，双耳罐的特征就比河姆渡早，同样精致的黑陶在赵宝沟、裴李岗文化也有发现，因此没有理由怀疑跨湖桥遗址的碳十四测定数据。

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