河姆渡文化石器早晚变化明显，早期打制石器和磨制石器并存，鲻山遗址燧石质打制石器的数量超过磨制石器，以刮削器为主，燧石质打制石器的大量发现，为河姆渡文化骨器制作、象牙雕刻制品的研究提供了新资料。经浙江省地质研究所鉴定，生产工具类石器多以燧石为原料，少数为凝灰岩、凝灰质砂岩、硅质岩、硅质角岩。砺石多采用中粒石英长石砂岩为原料；狩猎工具及装饰品等多为石英及氟石制作，少数为叶腊石和方解石。制作均较原始而粗糙，以琢辅磨，大多保留着打制成形的原貌，仅刃部磨制较精，有的在石器两侧稍加修琢整形。出现少数钻孔石器，使用管钻法和先对凿穿孔后再加钻磨修整两种钻孔技术。器形短小厚实，以斧、锛、凿、砺石为主，另有少量石球、弹丸及玉、石质璜等装饰品。石斧梯形和近似长方形者居多，大部分保留着原来打制的残痕，有的两侧略加修琢或在起刃处以上作简单修磨。起刃处大多位于斧的中段部位，亦为全器的最厚处，有的两面刃不甚对称，刃部磨制锋利，大多保留有砍劈使用后刃部崩裂的残痕。刃宽以4－5厘米占多数。相当一部分石斧顶端有明显的锤击痕迹，有的斧顶端已锤击成球面形，这类石斧有可能是一种当作楔子用于剖裂木材的工具。
　　河姆渡文化第二期，燧石质打制石器显着减少，磨制技术明显进步，石器形制较为规整。出现少量以板岩为原料制作的石器。河姆渡文化三期，燧石、凝灰岩等硬质石器减少，硅质岩、硅质泥岩成为制作石器的主要原料。斧、锛、凿等形体多修长，多通体磨光，管钻技术成熟，使用普遍。器形有斧、锛、凿、刀、纺轮、砺石、玦、璜、管、珠、蝶形器等。
　　河姆渡文化第四期石器经浙江省地质研究所鉴定，石质以硅质岩、砂质硅质岩和硅质泥岩为主，石英、氟石和叶腊石是制作装饰品的主要原料。狩猎用的弹丸石质风化凝灰岩、泥岩、氟石和砂质泥岩均有发现。纺轮多用泥岩、粉砂质泥岩、叶腊石化凝灰岩制作。器形制作规整，大多通体磨光，轮廓分明。器形有斧、锛、凿、钻、纺轮、砺石、玦、璜、管、珠等。石锛数量明显增多。

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