有人认为，书院教育是隶属与封建的官学体系的，所以它理所当然的是官学。支撑这种观点的理由有两点：一是历来主事书院的人大都是有社会地位和势力的人，不是作官就是大儒，比如说朱熹和王阳明。这样，他们都多代表官方和统治阶级的立场；他们所推行的书院教育尽管不同于正规教育，但都是官方性质。二、书院在政治高压下，根本无法独立发展。以明代为例，明中叶之后就出现过四次毁弃书院的事件。何况，书院自宋代官学兴盛之时已开始被纳入过官学体系，湖南的“潭州三学”便是佐证。这两种理由是有力量的，坦白的说，从历史的宏大主流来看，书院教育的特立独行是步履惟艰的，甚至是左右摇摆不定。我们看到元明清的书院都不足以书院的真正内涵，说它是对政治的妥协不太为过。尽管在这三代以来，书院从数量和规模上都大为可观，但我要说，书院的真正精神也只是散落在那寥寥可数的书院里，很多书院只是有书院之名而无书院之实。一个更有力的理由是，书院到清代已沦为科举制度的附庸，盛行考课括帖和八股之文，完全与官学的“学而优则仕”没有什么区别。这实在有背于书院的教育目的和宗旨。然而正是如此，它向官学的同化恰恰说明了真正的书院性质是不同于官学的。它在沦落的时候恰恰给我们提供了一种反思的视角，让我们看清它的“庐山真面目”来。

    有人认为书院是私学和官学相结合的产物。这表现于它系统的综合和改造了传统的官学和私学，并在两者的基础上而形成一种新的教育组织形式。他说，书院不是官学但有官学成分，是私学但不是一般意义上的私学。这种说法似乎很合理，合理的让我们无话可说。但是，是不是这种说法就是无懈可击、完满无缺的呢？我想没有一种理论可以做到这一点。如果他做到了，那只能说明他只是把问题掩盖到别人都不头疼的相信他而已。关于书院的性质，一种面面俱到的伪现代性的界定是说明不了的。还是看看古人的认识吧。宋人马端临秉承吕祖谦之派的“中原文献学”，注重治史。他在〈文献通考·学校考〉里说：“盖州县之学，有司奉诏旨所建也，故或作或否，不免具文。乡党之学，贤士大夫留意斯文所建也。故前规后随，皆务兴起，后来所至，书院尤多。而其田土之赐，教养之规，往往过于州县学，盖皆仿四书院云。”我们由此看出，书院是由私学发展而来的。它起初确是“乡党之学”，是古代儒家士子“留意斯文所建也”。在这里，我们不得不暂时的停下来来看一下书院和儒学的关系。可以这么说，儒家思想伦理的传递和保存是和书院分不开的。用盛朗西在《中国书院制度》里所说：“儒家之学所之传，在元代还是继续，主要靠民办书院”。虽然我们看到的只是一个断面，但我想，透过这个断面来界定书院的性质，更能从深的层次上给出之。“留意斯文”和“民办书院”之间是相通的。我国古代儒家讲究“学为己”，然后才是“推己及人”。对于他们来说，个人的“修身”也就是这里所提及的“留意斯文”决定了他们以个人的力量来创办教育事业。儒家向来有一个“内圣”的道德理想人格规范，它在自觉的心理层面驱动了历来的贤者高士，加上他们对于现实的深刻认识，“外王”的治国抱负更直接的使他们充分发挥个人的力量来。创办书院，培养“明体达用”、“传道济民”的人才，“得天下英才而教之”，何乐而不为乎？所以，从文化的传递和发扬来说，书院教育它的推动和发展带有个体个性化的特征，因此必是私学。只不过这种私学扩大为儒家学者的入世之行为，变为一个民族的文化教育。这一点，我将在书院的特点之一即和理学的一体化时会具体论述之。

    总的说来，书院教育是私学性质，它“不是一般意义上的私学”，更确切的说，它是私学的制度化。无论从教育设施、基本规则、管理制度还是专门的经费开支，它都超越以往私学的范畴。不过，应该指出的是，书院的特色的可贵决不是量化的多少和完备可以衡量的。惟有私学的性质从根上给予了书院独立的展现自己的个性和灵魂。尽管它因官方教育而不得已借助“民办官助”的形式，取得政治的认可和合法地位，但归根是“民办”。

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