生态环境是一个相对恒定的系统，一旦遭到破坏就难于恢复。由于流民人为对生态环境的严重破坏，使得农业赖以命脉的水利事业呈现效能低下，漏洞百出，一度造成洪水泛滥。这对农业生产造成的损失是灾难性的，据李心纯的研究，明代山西的水利灌溉多依赖于泉水灌溉（注：李心纯：《黄河流域与绿色文明》，人民出版社，1999年版，第149页。）。因为汾河河水的水文状况日益恶化，已不敷灌溉之用。关于明代河北的水利李文也有研究，此不赘述。河北的水利事业也趋滑坡，政府只在注意运河的修筑。 

陕西的水利，景况更不堪入目。陕西在汉、唐时期曾是水利兴盛的时代，因之造就了汉唐盛世。但随着流民对生态环境的破坏，泾水、渭水、洛水的流量在大幅度减少，含沙量日益增大。关于陕西的水利事业，《明实录》曾记载：“（洪武八年十月丙辰）浚泾阳县洪渠堰。泾阳属西安府，其堰岁久，壅塞，不通灌溉，遂命长兴侯耿炳文督工浚之。由是泾阳、高陵等五县之田大获其利。”《太祖实录》（卷256）又曰：“（洪武三十一年）修泾阳县洪渠堰。时泾阳县耆民诣阙言：‘堰东西堤岸圮坏，乞修治之。’上命长兴侯耿炳文、工部主事丁富、陕西布政使司参政刘季篪督兵民修筑之。凡五月堰成。又浚堰渠一十万三千六百六十八丈，民皆利焉。” 

但事实上，《明实录》中的记载不止这几处，且说法有时自相矛盾。可见，虽经多次修筑，但灌溉的效益不能遂人心愿。最后，泾阳渠只能成为老百姓的饮水的甜泉。明代以后修筑的水利工程只能拒泾引水了，使水量越来越小（注：《明实录类纂》（经济史料卷），武汉出版社，1993年版，第1页。）。 

生态环境的破坏，还造成牧区的面积大量减少。由于九边的开垦，使得明代的马政废弛，马的饲养靠民间来进行。为了保证军用马匹的供应，明朝政府自明初以来派今河北、河南、山东、江苏、安徽地区的农民充当养马户，为之喂养种马，缴纳马驹。明中叶以后，又将北京附近的若干州县改养寄养马（从喂养种马地区征取孳生的马匹，送到北京附近寄养，以备随时取用，这种马匹叫寄养马）。平时，养马户饲养种马和寄养马要付出很多劳动力，一匹马在家朝夕喂养，就不能抽出时间来进行其他生产。而且当所养马匹死亡或种马孳生不及额时，养马户还要赔纳。这造成了河北刘六、刘七的起义（注：田培栋：《明代人口变动的考察》，载《明清史》，人大复印报刊资料1997年第2期，第50页。）。 

太湖流域是较发达的经济区域，这里的沃田被豪强贵族霸占后，佃农失去田地，只有去开垦湖泊周围的滩涂，结果本来是水域的太湖周围都被开垦殆尽。人地关系的紧张迫使流民不断起义。例如，刘六、刘七领导的流民起义曾席卷江苏地区。起义后，政府不得不承认他们对一些土地的开发和占有。象太湖流域的水路被开为田地，结果造成洪水泛滥，因为水和人争田，造成有时庄稼颗粒无收。据光绪《松江府志》（卷39）记载洪武十八至二十年水旱无收，“饥民至煮子女为食。”乾隆《震泽县志》（卷27）记载永乐2年5月“大雨低田尽没”。水灾过后，往往伴随其他灾荒，如太湖县蝗灾，饥疫，“人相残食，日晡不敢独行。”（注：乾隆《太湖县志》卷20，台北：成文出版社，1985，第17页。） 

由于生态环境的恶化，大量流民从平原地带迁往山区，开始了对山区的开发，这一过程南北方同时进行，尤其是从明代中期以后耐旱的粮食作物甘薯由吕宋传入，加速了这一进程。同时也使人口大量繁殖，据田培栋的研究，明初已有人口7千万左右，到了明朝末期，人口已达到了1亿2千万。（注：汤纲、南炳文著：《明史》（上），上海人民出版社，1985年版，第349页。）耕地四百万顷只增长到七百万顷。大量田地的开发造成了人地关系的紧张，北方水利失修，一片荒芜。明朝政府的财政主要依靠江南的财赋，由此造成了南方赋税的大量增加，这种现象在当时的苏州、松江等地表现得尤为严重。由于南方人口大量增加，而官田面积占的比重过大，大量的人口或沦为佃农，或从农业中游离出来，降格为流民。农耕文明的发展总是遵循它固有的发展逻辑，它要不断开垦新的田地，不断维持自己最低的对粮食作物的需求，维持庞大人口的生存，这使得明代的农业经济不断走向衰落。因为耕地的增长始终低于人口的增长，这就使大量贫民沦为流民，并且大量流民由于生存的需要对田地的不断开垦和对森林的滥砍滥伐，由此造成了水土流失、土地盐碱化和荒漠化。对生态环境的干预，虽然在一定程度上增加了耕地面积，但反过来又降低了农业生产的产量。如此的恶性循环，使得明代的任何改革比起生态环境的恶化和人口增长都显得力不从心。 

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