1206年，成吉思汗只统一了蒙古毡帐百姓，北边的林木中百姓尚未统一，西邻之畏吾儿、西夏还未归附，一旦出兵金国，它们很可能成为后患。成吉思汗为了解除后顾之忧，决定首先向北、西方向进军。

1207年，成吉思汗派其长子术赤带领右翼军去征服林木中百姓，斡亦剌特部的忽都合别乞首先降服。随后他又引领术赤前去征讨斡亦剌特其他各部。在失黑失特征服了斡亦剌特、布里雅特、巴尔浑(巴尔虎)、兀尔速特、合卜合纳思、康合思、图巴昔等林木中百姓《史集》卷1）。兀尔速（今鄂伦春）部居住在谦河以北乌斯河流域。合卜合纳思部居住在谦河之源。康合思属乞尔吉思人中的一个部落，居住在贝加尔湖西侧的安加拉河。图巴昔部居住在唐努乌梁海。

术赤占领斡亦剌特诸部后，继续向乞尔吉思进军，该部首领也迪亦纳勒表示归附。

成吉思汗为了奖励忽都合别乞首先降附，将女儿其其格嫁予忽都合毕齐的次子伊纳勒赤；将术赤的女儿豁雷罕嫁给了伊纳勒赤的兄弟。从此，成吉思汗的黄金家族与斡亦剌特部建立了永久的婚姻关系。

占领西伯利亚以南林木中百姓后，设置了万户，委派豁尔赤为万户长，并命豁尔赤将巴阿邻、赤那思、脱斡勒思、帖良古特等组成万户，负责统辖"林木中百姓。

?世纪中叶，回鹘汗国灭亡。一部分畏吾儿人迁往西州(今吐鲁番一带)，以高昌为中心建立了政权，在辽、宋汉文史料中称作高昌回鹘。其领土东至哈密，西至库车，北至准噶尔盆地，南至罗布泊附近。蒙古人称高昌回鹘为畏吾儿，称国王为亦都护，意为幸福之主。辽国建立后，畏吾儿成为其附属国。西辽政权建立后，畏吾儿又臣属于西辽，古尔汗曾派少监到畏吾儿做监国。少监在畏吾儿作威作福，对亦都护及其将官百般凌辱，遭到贵族和平民的共同反对。1209年巴而术王（《元史》作巴而术阿而忒的斤）杀死少监，宣布叛离西辽，归顺成吉思汗。成吉思汗得知消息后，便派阿勒普-兀奴克、答尔拜德两名使者面见巴而术王。他们在畏吾儿受到隆重接待，当其返回时，巴而术又派两名使者去见成吉思汗，说：臣闻皇帝威德，即弃契丹旧好，方将通诚，不自意天使降临下国，自今而后，愿率部众为臣仆（《元史》卷122《巴而术阿而忒的斤传》）。是时，篾尔奇特部脱黑脱阿在叶尼塞河被蒙古军所杀，其4个儿子火都、赤剌温、马札尔、图薛干带着父亲的头颅，从叶尼塞河逃到畏吾儿地区，并派一人前去面见亦都护。来者被亦都护杀掉，火都等人被驱走，与古出鲁克一起逃往西辽。随之，亦都护遣其国相来见成吉思汗，报告古出鲁克、火都等人的下落。这一举动得到了成吉思汗的奖赏，允许亦都护带金宝入贡。

1211年春，成吉思汗从西夏回师，驻克鲁伦河斡尔朵（行宫）时，亦都护带金宝从哈剌火者(又称亦都护城，在吐鲁番东)觐见，说：陛下若恩顾臣，使臣得与陛下四子之末，庶几竭其犬马之力。成吉思汗将女儿阿勒阿勒屯（《元史》称也立安敦）嫁给亦都护；亦都护序于诸子之末。

与此同时，合剌鲁的阿尔思兰汗也归附了成吉思汗。合剌鲁属语系，以海押立为中心统治着伊犁和博尔塔拉地区，臣属于西辽。西辽派去的监护在当地横征暴敛，后被阿尔思兰所斩。阿尔思兰归附后，在克鲁伦河斡尔朵受到成吉思汗的接见。

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