徽商屯盐说，是指这些石窟由于屯放盐等大量的货物需要而开凿的。自古以来，徽商的足迹遍及天下，其中尤以明、清朝代的盐商更为出名，而古徽州的对外运输渠道即为新安江，石窟为徽商的仓库。

　　功能转化说认为，这些石窟并非某一朝代某一时期一次性完成的，而是在漫长的历史中不断开凿而成的，最初可能是为采石，但后来人们又将它用作避难、屯兵、储粮等用途。这种假说可以解释同一石窟中石纹凿痕不同、花纹图案不同的现象。

　　环保巢居说。“北方有窑洞，南方有石窟”，这是中国先人在人居环境上追求朴素环保理念的两大发明。一个掘土坡为房，一个凿石山为屋，不占肥田沃土，不破坏山坡山形，不毁坏山坡植被，营造出冬暖夏凉的栖息地。石窟内有房、有走廊、有石桥、有厅堂，有石水池、石水窖等，具备人类生存的基本条件。

　　还有皇陵说、花石冈说、晋代说、临安造殿说、方腊洞说，九黎氏部落说、青铜器工具说等等。猜想多多，言之凿凿，皆因花山谜窟毫无史料记载而难成定论，花山谜窟依然是串串难解之谜。

花山谜窟－保护性开发

　　花山谜窟之谜虽难解，但花山谜窟保护性开发却不容疑迟。在花山谜窟采访的时候，不少人对已经开发的洞窟的保护状况表示担忧。记者看到，有些洞窟出现少许风化裂缝。一些专家担心游人增多，空气流动频繁会造成对洞窟的侵蚀等等。

　　不论谜窟之谜到底何时得解，但古人在开掘中对环境的保护应为今人所牢记。不占用土地，不破坏山坡山形，不毁坏山坡植被，无论是采石还是建造居所等，窟外的树照绿，花照开，环花山的古村落的村民世世代代依然安居乐业。假如当年开掘者不注意环境保护的话，今天的花山恐怕早已是废墟一片，更不用说国人来参观旅游，并引以为豪了。

　　程化达、江志伟等老先生当初探索洞窟的初衷是为村民寻求旅游投资、开发旅游资源的致富之路。如今村里的致富路在铺，游人日渐增多，但老人更希望在开发中加强保护，为子孙留个好饭碗。对尚未开发的洞窟，有关专家也建议加强规划，保护在先，建立必要的法律保护机制。黄山市已经意识到这一点，多次组织专家专题研讨保护方案，今年还将拨专款进行维修加固。

　　2002国家级风景名胜区年5月，安徽省花山谜窟-渐江风景名胜区经国务院批准列入第四批国家级风景名胜区名单。

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