李自成农民军撤出北京后，一路退至西安。这时，尽管农民军受到了严重挫折，但在陕西及黄河一带尚有不小的力量，仍然可以有所作为。但是，李自成等人在军事上不仅未作比较周密的部署，反而听信谋士朱金星的挑拨，诛杀李岩等大将，使大顺政权领导层出现了裂痕，削弱了自身的力量。 

　　与此同时，清军兵分两路，向农民军追击。一路由英亲王阿济格为靖远大将军，另一路则由豫亲王多铎为定国大将军，两军直扑西安。 

　　顺治二年(1645)五月，李自成率兵自陕西商洛山区退往湖北，驻扎在武昌。这时大顺军尚有部队50余万，分为48部。清军又分水陆两路突然袭来，李自成乃由武昌退到湖北通山。五月四日，李自成率18骑到通山县的九宫山一带阅视山势和道路，突然遭到当地地方团练的袭击，李自成和18骑均牺牲于乱刃之下，时李自成39岁。 

　　李自成死后，余部大致分为两支：一支由刘体仁、郝摇旗率领；另一支则由李过及高一功率领，在荆襄地区坚持抗清斗争。

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