忽必烈在汉地立国建都后，仍然十分注意保持和发展蒙古民族的语言和文化。中统元年（公元1260年）十二月，忽必烈封吐蕃萨迦的八思巴为“国师”，命八思巴率领一些吐蕃语言文学者重新创制蒙古文字。至元六年（公元1269年）二月，新字制成，由忽必烈正式颁行，并加八思巴为“帝师”、“大宝法王”，统领全国佛教。朝廷立总制院，管领佛教僧徒及吐蕃境内事务，仍以“帝师”八思巴统领之。《元史・百官志三》载：“至元二十五年（公元1288年），因唐制吐蕃来朝见於宣政殿之故，更名宣政院。置院使二员，同知二员，副使二员，经历二员，都事四员，管勾一员，照磨一员”。院使由朝廷命官任领。吐蕃有事，另设分院往治。宣政院的官员，僧俗并用，是元朝设立的一个特殊机构。它既是管理全国佛教的事务机关，又是直接统领吐蕃的政务和军事。元明宗天历二年（公元1329年），罢功德使司归宣政院。设置院使10员，从一品，同知2员，正二品，副使2员，从二品。 

　　此外，中枢机构中还有一些设置有异於前代，必须提及的：  

　　元代特别重视宗教，对于佛寺大加保护，特设总管机构“大禧宗�院”，有院使、副使等官。所属各大寺院设总管府（如“南镇国寺”，设龙禧总管府；大“护国仁王寺”，设会福总管府；“大承天护圣寺”，设龙祥总管府等）。此外还设有田赋提举司、营田提举司、财用所、民佃提领所、香户提举司、营缮司等。在这方面几乎政教不分，而以正式官署管理寺院事务也是前代所未有的。 

　　历代掌管宫廷器用之制作多为少府监所属官署。而将作监则掌管公用之建筑。元代升将作监为将作院，专司宫廷器用及衣冠服饰之制作。其所辖各种工艺品的作场也是非常繁多的，依其种类分设三个总管府掌管：一、诸路金玉人匠总管府。所属有玉局提举司、金银器盒提举司、玛瑙提举司、金丝子局、◆带斜皮局、��玉局、浮梁磁局、画局、装钉局、大小雕木局、温犀玳瑁局、漆纱冠冕局等。二、异样局总管府。所属有异样纹绣提举司、异样织染提举司、纱罗提举司等。三、大都等路民匠总管府。所属有备章总院、尚衣局、御衣局、织佛像提举司等。 

　　关于宫廷的职事，皇后的有中政院，所属有中瑞司、内正司、正翊司等。太后的有徽政院；供应太子的有储政院。总之，元代的皇后、太后、太子诸王都可以有领地，有丁口，国官与宫官交错设置，政令分歧，是历史上所仅见的奇特现象。 

　　元代所设各院，与传统比较接近的是：太常礼仪院、典瑞院、太史院、太医院（其所属有惠民局及医学提举司，是有关医疗事业与医学教育的）。  

　　元末设置的奎章阁及艺文监，专掌书画鉴定及刊布图籍之事，也是前所未有的特设机构。  

　　元代的驿站制度特别发达，因此而特设通政院以管理全国驿站之事，而於各路置脱脱禾孙一官以辨奸伪。  

　　元代设官有以下几个特点：  

　　第一，除最高机构外，一般中外军民官署皆在主官之外设一达鲁花赤，主要由蒙古人担任，特别是外官，自总管府以至府、州、县行政实权皆操在达鲁花赤之手。 

　　第二，自仁宗始，开科取士，分蒙古人、色目人与汉人、南人为两榜。虽已稍变初期专用蒙古人担任要职的做法，但南榜进士最多做到御史台及六部尚书为止，最高职位仍限于蒙古族人。 

　　第三，事务官及吏员比较充实，其地位也有所提高，例如都事及令史等，往往都有发言任事之权。这是由于蒙古高级官吏对情况不够熟悉，能力薄弱，不得不假手於这些低级职员。 

　　第四，工艺技术官司之设置十分繁琐，这是由于元代手工业发达，有匠户组织的缘故。

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