元朝建立以前，蒙古大汗任用各族的文士为必^赤，起草文书，并协助大汗和蒙古官员处理各地政务。管理中原事务的必^赤耶律楚材等人，依照汉地的习惯，便以中书省的官衔称之。忽必烈建国后，正式建立中书省总理政务，中书省的最高长官为中书令，必以皇太子任之。《元史・百官志一》载：“中书令一员……世祖以太子兼之；至元十年（公元1273年），立皇太子，行中书令。大德十一年（公元1307年），以皇太子领中书令。延v三年（公元1316年），复以皇太子行中书令”，元末陶宗仪在《南村辍耕录》卷22中说：“惟皇太子立，必兼中书令，枢密使”，均可作为中书令为皇太子兼职之明证。皇太子兼职仅虚领其衔而已，实权则归之右左丞相，《元史・百官志》载：“右丞相、左丞相各一员……统六官，率百司，居令之次，令缺，则总省事，佐天子，理万机”。蒙古人尚右，故丞相中以右丞相为尊。据《元史・仁宗纪三》载，延v四年（公元1317年），仁宗任命合散为右丞相，“合散言：‘故事丞相必用蒙古勋臣，合散回回人，不厌人望’，遂恳辞；制以宣徽使伯答沙为中书右丞相，合散为左丞相”。这段记载，说明了右丞相为中书省的最高长官，也证实了中书省之长只限于蒙人为之。 
　　 
　　右左丞相之下，有平章政事4人，从一品、掌机务、为丞相之副，凡军国重事，无不由其决之。其下又有右左丞各1员，正二品，辅佐宰相裁决庶务，号称左右辖；参政2员，从二品，佐宰相以参大政，其职位次于右左丞。这些设置与金之尚书省制略同。与汉制明显不同的是右居上，左居下。此外，还有参议中书省事，秩正四品，典左右司文牍，凡军国重事可参预裁决。左右司郎中的设置则与汉制同，左居上，右居下。 
　　 
　　元世祖至元七年（公元1270年）定制，在中书省之下设吏、户、礼、兵、刑、工六部，并于各部设尚书3员，正三品，侍郎2员，正四品，郎中2员，从五品，员外郎2员，从六品，分理政务。其中吏、户、礼、刑、工五部之职掌略如宋、金，唯有兵部所掌特异前代，《元史・百官志一》说：“兵部……掌天下郡邑邮驿屯牧之政令。凡城池废置之故，山川险易之图，兵站屯田之籍，远方归化之人，官私刍牧之地，马、牛羊、鹰隼、羽毛、皮革之徵，驿乘、邮运、祗应、公廨、皂隶之制，悉以任之”。可见兵部所掌皆为政务，而元代之军务则统归枢密院掌之。

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