万历三十年（1602）早春，北京城内波诡云谲，暗伏杀机，一场清除以李贽为代表的思想异端、株连李贽的追随者，并驱逐西方传教士的政治密谋，在紫禁城内外悄然酝酿着。 

　　以往的说法是，李贽是被“封建统治者”而死的。不错，是万历皇帝亲自下令将他逮捕治罪的。他的主谋是东林党人的、著名的大奸臣、内阁首辅沈一贯。但仔细一考究，就觉得这种说法不完全对了。受沈一贯的指使向万历皇帝告发李贽的，是被人们称之为“早期市民阶层的经济政治利益代言人”的东林党人张问达；在李贽被而死后，东林党人的领袖人物顾宪成对李贽之死持一种幸灾乐祸的冷嘲热讽的态度，这不是大可令人惊异吗？而这些东林党人，作为晚明历史舞台上的一支主张改革的政治力量，在李贽的同时或以后的一段时间内，也纷纷被专制统治者而死。先害人，接着又被害。  

　　究竟东林党人与李贽有什么深仇大恨，定要将李贽置于死地而后快呢？ 

　　问题还是出在要不要维护儒家纲常名教和道德伦理至上主义上。李贽反对儒家的“君子之治”而提倡“至人之治”，反对儒家的道德伦理至上主义而提倡社会功利主义，而东林党人正与此相反。东林党人在李贽问题上的所作所为，说明他们仍然摆脱不了借助政治权力来压制思想异端的孔家的传统态度。 

　　万历三十年三月十五日（1602年5月6日），李贽在吩咐侍者为他剃头后取刀自割咽喉。三月十六日夜子时，李贽在狱中与世长辞。 

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