成吉思汗建国之后，确定了蒙古军队的指挥系统。蒙古军队“自十而百，百而千，千而万，各有长”（《黑鞑事略》）。十夫长又称为“牌子头”，蒙古语作“阿儿班那颜”（“那颜”，意为“官人”），百户长称为“札温那颜”，千户长为“敏罕那颜”，万户长为“土绵那颜”。有时还设五十户长，称为“塔宾那颜”。由于千户是蒙古军队的基本军事单位，所以千户，除一些分赐给蒙古宗王（成吉思汗黄金家族成员）外，都分编在蒙古左、右两翼军内。左、右两翼军各设万户长一名，掌管本翼各千户的军队。在出征作战时，蒙古大汗亲征，宗王、万户长、千户长等听从大汗的直接指挥。受命指挥军队作战的蒙古宗王有权节制参战的其他宗王和各千户长官，万户长和千户长则节制下级军官。

　　汉军的指挥系统初期比较混乱。成吉思汗西征时，授命左翼蒙古军万户长木华黎统管中原汉军，但部分汉军实际上听命于东道蒙古宗王（成吉思汗诸弟）。汉军军官或称都元帅、元帅，或称节度使、留守、兵马都提控等。窝阔台汗即位后，划一汉军编制，按万户、千户、百户、牌子头授受汉军军官官职。在汉军万户之上，设立统军都元帅，多由探马赤军将领担任。都元帅掌管镇戍中原的探马赤军，节制各汉军万户，统一指挥前线作战。蒙古大军出征，都元帅要督率属下军队参战，接受大汗指定的宗王、万户长、千户长等前线指挥官的调遣。

　　忽必烈即位之后，为加强中央集权，改变了蒙古国时期蒙古军分为两翼，由万户长而下一统到底和都元帅节制汉军的指挥体制，在中央设立枢密院，作为掌管全国军政的最高机构，地方统军机构几经变化后也基本趋于稳定，形成了一整套制度。

　　枢密院设立于中统四年（1263）五月。按照忽必烈的规定，全国军队均由枢密院节制，“凡宫禁宿卫、边庭军翼、征讨戌守、简阅差遣、举功转官、节制调度，无不由之”（《元史・百官志二》）。全国统一之后，枢密院的职能更为明确，大致包括以下几方面内容：

　　1。筹划军事部署。建立全国军事镇戍体系，布置和调整各地戍军，设置地方军府，调集军队抵御蒙古叛王的攻扰，各地人民的反抗和发动对外战争，是枢密院议决军政的主要内容。

　　2。管理军队。自元军分为宿卫和镇戍两大系统后，宿卫组织中的侍卫亲军各卫和掌管探马赤军的蒙古军都万户府，由枢密院直接管领。其他镇戍军队各有军府所掌管，均由枢密院节制、调动。全国军籍归枢密院掌管，枢密院隔一定时间就要派官到各地查阅军籍，检视各军。枢密院还负责对伤病贫乏军人的治疗抚恤和制定军事法令约束军队。

　　3。铨选武官。军官的选任、升迁、袭职、俸禄、赏罚等，都由枢密院负责制定有关规定和具体实施。

　　4。军队的后勤保障。主要是措置军队屯田和制造、管理、调运武器装备，为边防戍军提供粮饷、衣装。军队的通讯、马政等，由中书省兵部负责，不归枢密院掌管。

　　枢密院初设时只置枢密使、副使、佥书枢密院事等职。枢密使由太子兼领，副使二员，一为蒙古人，一为汉人。太子兼枢密使为名义最高长官，并不参决军务，实际处理军务的是枢密副使。至元七年（1270），在副使上增置同知枢密院事一员，作为枢密院的实际最高长官。至元二十六年（1289），又在同知枢密院事上设知枢密院事（知院）。此后，皇太子兼枢密使，太子位缺时枢密使为虚衔，知院为枢密院实际最高长官，下设同知、副使、佥院、同佥等职，成为一朝定制。知院原设一员，后来不断增加，多时达十余员，少时也有六员。知院大多由蒙古人充任，少数色目人可以跻身其列。同知也基本由蒙古人、色目人包揽，副使以下才参用汉人。枢密院主要官员由皇帝亲自择用，属官由枢密院自身选择奏举，依旨任用。

　　枢密院向皇帝奏报军情要务，一般情况下不经过中书省。重大的军事决策，皇帝要召集中书省和御史台等中枢机构官员与枢密院官一同商议。枢密院内的公文传递，大多由枢密副使以下的官员负责，受御史台官员监督检劾。皇帝夏季赴上都避暑，枢密院官员大多从行，只留副使或佥院一二员于大都，暂司本院事。重要的公文和军情奏报都要转送上都，由跟随皇帝的院官处理。

　　为了保证蒙古各部分驻的漠北草原的军政统一，元廷常年以一员知院出镇漠北，就地处理军务。有时在西北地区也派知院出镇。

　　忽必烈设立枢密院后，在蒙古军的指挥系统中，取消了左、右翼万户长，蒙古军诸千户直接由枢密院节制调遣。蒙古国时期分封的蒙古宗王，都拥有直属蒙古千户和封地。忽必烈改变了这种做法，将自己的几个儿子分派到漠北、陕西、云南、吐蕃等地作为出镇宗王，不再封给他们蒙古千户和封地，只授以宗王节制当地军队的权力，战时作为军队的最高指挥官。出镇漠北的宗王，地位在出镇他处的宗王之上。后来宗王出镇成为制度，其主要权限是镇戍征伐、监督军政，而赋税军站等事务则皆由当地行省官员执掌，也就是所谓的“镇之以亲王，使重臣治其事”。出镇宗王由皇帝指派，部分世袭罔替，部分临时指派。


　　为控制汉军和统一指挥军队对宋作战，忽必烈先将统管探马赤军和汉军的都元帅改为统军司，不久又将统军司改为行枢密院或行中书省。统军司乃至行院、行省的官员，都由皇帝任命，具有指挥作战、调配军需物品、措置屯田戍守等权力。

　　全国统一之后，行枢密院相继撤罢，在全国分设河南江北、江浙、湖广、江西、四川、云南、陕西、甘肃、辽阳、岭北十个行省。各行省所设平章二员，兼管军事，总督本省军马。行省平章一般以蒙古人充任，间或择用色目人，汉人不得任职。行省内的镇守军万户府、元帅府等，都是行省的下属军府。在远离行省中心的地区或少数民族聚居区，设立宣慰司，“掌军民之务，分道以总郡县。行省有政令则布于下，郡县有请则为达于行省。有边陲军旅之事，则兼都元帅府”（《元史・兵志七》）。宣慰司都元帅府下一般设有固定军府，掌管部分军队。各行省的军队调发，需经枢密院批准传旨。行省内的镇戍和屯田，也要由行省官员和枢密院协商确定。

　　当某一地区发生战乱，先由枢密院传旨所在行省平章，调派军队，如不奏效，则传命附近行省发军会剿。有时，也在战事颇繁的地区设立行枢密院，临时提调从各省调来的军队，战事平复后则撤销。

　　元朝末年，为农民起义，在地方设立枢密分院、兵马司等机构，在中央设大抚军司，都是一时的应急措施，元廷中央枢密院主管全国军务、各行省平章掌管地方军政、行枢密院作为临时性军事指挥机构的机制，基本没有改变。

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