不仅董鄂妃的身世是后人总在探究的谜团，顺治帝的去世也是一个千古继团。在很多版本里都认为顺治帝是患了天花而亡。天花对于今天的我们来说，根本不足为惧，但是对于当时的人来说，却是不治之症。如果能够在患天花之后活下来，无疑是上天的眷顾。通常情况下，一旦染上天花，就等于已经接到了死神送来的邀请函。在很多传闻中称董鄂妃因为儿子的过早夭折，每日郁郁寡欢，身体每况愈下，后来又不幸染上了天花。如果真是如此，顺治帝这个大情种，看到爱妃生病，一定会去床前照看，这样一来，顺治帝染上天花也就不足为奇了。

除此之外，还有一个更加直接的证据证明顺治帝是染天花而死。传闻顺治帝在病危的时候，由翰林院清孝陵掌院学士王熙代为起草《遗诏》。《王熙自定年谱》中对这件事也有记载：正月初二日，顺治帝突然卧病不起，病情十分危急。次日，王熙领命前往养心殿。初六日的晚上,顺治帝再次把王熙召人养心殿，并语重心长地对他说：“朕得了天花，看样子是好不了了。你要认真听朕所说的每一句话，尽快地把诏书写出来。”王熙听完之后，就退至乾清门下西围屏内，按照顺治的意思来撰写《遗诏》，每下完一条就给顺治帝呈上一条。就这样，花了一天一夜的时间，三次呈给顺治帝阅览，三次被顺治帝钦定。到了初七晚上，才将《遗诏》撰写和修改完毕。当天晚上，顺治帝_就撒手人寰了。

顺治帝在去世之前曾经要求佛家的葬礼来进行。顺治皇帝离世之后，遗体被火化。二月初二，顺治帝梓棺被移到了景山寿皇殿，在那里停了一百多天之后，在4月17日按照顺治帝死前遗愿，和尚茆溪行森为顺治帝的遗体秉炬火化。次年5月，顺治帝的骨灰由辅政大臣护送，和董鄂妃的骨灰一起葬入了遵化的清孝陵。

顺治皇帝去世之后，按照顺治皇帝的遗诏，在孝庄皇太后的主持下，立爱新觉罗•玄烨为下一任皇帝，年号为康熙，当时玄烨还不满8岁。由此，繁荣强大的康熙王朝来临了。

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