刘祜登基后，表面上是刘祜为皇帝，实际上掌权的是邓太后，刘祜只不过是一个傀儡而已。汉和帝和汉殇帝的相继去世，使得东汉王朝元气大伤，光是为两位皇帝修建陵墓就已经惹得民不聊生，赋役沉重，百姓苦不堪言。邓太后见状，便下令缩减汉殇帝陵墓的建造范围，尽可能地减轻百姓的负担。

公元106年，汉安帝登基为帝的那一年，全国有18个地方发生了地震灾害，有41个地方发生了洪灾，而有28个地方则是受到了冰雹和风暴的攻击。在登基这一年发生这么多事情，朝中大臣便将目光落在了汉安帝身上，认为他的皇位名不正言不顺，登基之后，又使得皇权外漏，所以这一切的灾难应该都是汉安帝引来的。

所以，朝中的一些官僚便以此为理由发动了政变，要立刘胜为皇帝。邓太后知道后，马上派兵，将这次反叛扼杀在摇篮里。在接下来的十几年中，东汉王朝一直处在内忧外患的局面中，内有水旱灾害和盗贼肆虐，外有民族侵犯、边境难安，所以作为朝政把持者的邓太后，无疑是忙昏了头。

在治理内忧方面，邓太后只能亲力亲为，劳心劳力，很是辛苦。每次听说有人挨饿受冻的时候，邓太后都难过的吃不下饭，睡不着觉，并且还带头缩衣减食。她还派遣官员去各地巡查，对于那些灾害严重的地区，便免去他们的赋税，减轻百姓的负担，帮助他们重新建造房屋，发展农业，以此来安抚天下百姓的心。后来，在邓太后的亲力主持下，东汉王朝的经济才慢慢地复苏过来，并没有被自然灾害所打倒。公元108年，京师遭遇百年不遇的大旱。邓太后亲自带人前去了解旱情。

有人说，旱灾主要是因为京师有冤情才这样的。于是，邓太后又重新审理冤狱，审查囚徒，甚至亲自前往狱中，问问有没有受冤的人们。其中，有一个囚犯被他人诬告杀人，最后被当地的官吏屈打成招。这个囚犯见邓太后亲自前来审理，本来想要把自己的冤情告诉邓太后，可是又畏惧旁边的官吏，不敢开口伸冤。

邓太后问了好多遍，都没有人应答，只能转身离去。这位囚犯眼看着邓太后就要出门了，心中非常着急，眼睛直勾勾地看着邓太后，一副欲言又止的模样。邓太后像感应到了似的，她快步走到这名囚犯面前，向他询问所犯的罪过，并且还派人详细核�艘环�，证实这个人确实是被冤枉的，于是便下令把他无罪释放。最后，邓太后达把负责此案的洛阳令收押，治了一个办案不利之罪。

邓太后处理完这名囚犯的案子后，奇怪的事情就发生了。刚才还阳光明媚的天空突然之间乌云密布，没过多久就下起了瓢泼大雨。这一场及时雨，大大缓解了京师久旱的困境，给百姓带来了福音。

百姓们都说是上天被邓太后的贤德所感动，所以才下了这场雨。后来，每逢遇到大旱天气，邓太后都会亲自前往牢狱，去审查那些被冤的百姓，为他们洗脱冤屈，惩处办案徇私的官员。在邓太后的治理下，东汉王朝罔顾法纪的现象大大减少，屈打成招的冤案也有了大幅度的降低。

除了天灾，外患则有西域各国的叛乱。西域各国听说了汉和帝驾崩的消息后，便纷纷叛离东汉王朝。自从东汉外交家班超年迈回国后，由任尚接替了他的工作，负责东汉和西域之间的交流工作。

可惜，任尚的交往才能并不能和班超相提并论，相反，任尚在西域期间，不仅没有做好一个都护的责任，而且还带头为非作歹，致使西域各国起兵反抗，抵制任尚。任尚无力应付，只好上书东汉朝廷，请求派兵支援。邓太后接到密报后，连夜派兵遣将去支援任尚。后来国内形势发生了新变化，邓太后便和朝中大臣各自商议，想着要放弃西域都护，集中所有的兵力去应对国内新形势。

于是，邓太后命令在西域附近的羌人把西域都护使迎接回国，可是羌人担心他们把都护史送回去之后，邓太后不让他们回来，所以便没有答应邓太后的要求。

刚开始，反抗的队伍还比较小，后来邓太后为了震慑羌人，便采取了杀一儆百的政策，谁知这一政策彻底激怒了羌人，引起了大规模的反汉运动。这场战争一直持续到公元117年，耗费了巨大的财力人力，才将这场羌人起义下去。经过这一场战争后，东汉王朝的国力急速下降，加速了东汉王朝的灭亡。

而在外戚方面，邓太后也是比较注重管理的。邓骘是邓太后的哥哥，深受邓太后的器重，曾经任职车骑将军。在东汉时期，总共出现了六位临朝听政的太后，每一次太后听政时，都会邀请自家的亲戚前来参与，由此也使得外戚权力过大，使得朝政乌烟瘴气，朝纲混乱。到了邓太后时期，她曾经亲眼目睹了窦氏一族被灭门的惨剧。所以，自此她执政之后，便注重对外戚的约束，不允许他们像窦氏一族一样仗着位高权重，为非作歹、胡作非为。

如果自己家族里面有犯法的人，邓太后也绝不姑息，甚至还经常命令当地的官吏：邓家人犯法，一定要严格办理。

邓凤是邓骘的儿子，也是邓太后的侄子，任职侍中。有一回，任尚得了几匹良马，便派人送给了邓凤，想要巴结他，而邓凤什么都没说就收下了。后来，任尚犯了盗窃罪，被逮捕归案，并交给廷尉衙门审理。

邓凤得知后，担心任尚会把送给自己良马的事情抖搂出来，于是便提前把这件事情告诉给父亲邓骘。邓骘听后，心里也大为震惊。他深知妹妹对本族人的约束，为了以防万一，他剃掉了儿子和妻子的头发，并且带着他们向邓太后请罪。这件事情被百姓知道后，都交口称赞。

公元115年，汉安帝刘祜已经22岁了，到了选妃的年龄。在邓太后看来，汉朝几代先帝的皇后都出自于窦家、阴家、邓家和马家，所以，邓太后便反其道而行，册封阎贵人为皇后。那个时候，汉安帝已经有了一个儿子，取名为刘保，为李贵人所生。

这个时候的朝政大权还牢牢掌控在邓太后手中，刘祜成亲后，邓太后也没有将政权归还的意思。朝中各大臣看此，心中颇有微词。他们联合上书说，汉安帝已经长大成人，皇太后应该早日把政权交还给汉安帝，让汉安帝自己学着去治理国家，而太后可在一旁辅佐。