灵元天皇（日语：霊元天皇／れいげんてんのう Reigen Tennō；1654年7月9日－1732年9月24日），是后水尾天皇第十六皇子，母亲为内大臣园基音之女园国子（新广义门院），名识仁，幼名高贵宫。出生不久后，便成为其兄后光明天皇的养嗣子，同年后光明天皇崩御；在高贵宫长大之前，由后西天皇暂时继位以处理政事。1663年，后西天皇正式让位给高贵宫，是为灵元天皇。
天皇个性刚强，意志坚定，作风豪迈。在与幕府交涉时，也很明白的展现自己的立场主张。他也开始恢复大尝祭等古代礼仪，有所贡献。1684年，他开始有让位给皇太子朝仁亲王的想法，但因当时将军德川纲吉慰留，一直到1687年才正式让位，他成为太上皇，并且以上皇的身份实行院政。对于上皇这样刚硬独断的态度，幕府也加强对朝廷的干涉，迫使上皇不得不停止院政。
他于1713年剃发出家，成为法皇，法号为“素净”。1732年过世，其谥号取自古代孝灵天皇与孝元天皇，葬于月轮陵。
