吴桂芳（1521年－1578年），字子实，号自湖、石潭，江西新建县人。中国明朝官员。
嘉靖二十三年（1544年）进士。授刑部主事。累迁两广提督、福建巡抚、漕运总督、工部尚书。卒于万历六年（1578年）春，享年58岁，赠太子少保。
嘉靖三十四年（1555年），吴桂芳在任扬州府知府期间，主持修筑了扬州新城。
